(一、)日本考古學對於原住民
現在台灣的住民絕大多數是漢人，或者認同漢文化的原住民，南島語系的居民大約只占了2%，約四十七萬人，但早期漢人對於原住民族的記述往往帶有強烈的主觀意識，最早的文獻紀錄是陳第的《東番記》，清代的〈番俗六考〉，而日本在1895年擊敗清朝，取得台灣後，ㄧ方面打擊當地人對日本統治的抵抗，另一方面則是施政的需要而展開了針對原住民的調查，當時的人類學調查大致分為體質人類學，考古，語言，以及文化人類學，在日本擴張的情形下，這類學術服務往往都會影響到學科，使學術為政治服務，早期的學者如鳥居龍藏在調查台灣山地地區的石器時，便認為此類石器的遺物與人群和日本無關，1896~1928年主要以民族學語人類學為主流，考古的勢力較為單薄，1928年台北帝國大學「土俗人種學教室」的設立下考古學也始終不是主流，真正了解台灣史前文化的日本學者少之又少，而鹿野忠雄是其中最重要的ㄧ名，他說明了台灣具有七個不同史前文化的文化層序。
(二、)國府時期的考古學
1948年底播遷來台的歷史語言研究所「史語所」，曾以安陽王領做為研究主體，出土了宮殿遺址與甲骨文等相關文物，解決了中國三代夏商周的早期歷史問題，1949年的台灣大學考古人類學系便以前者的研究人員做為教學主體，但跟中國相比，台灣的考古仍舊無足輕重。
戰後的思維也明顯的和日本時代的研究者不同，此時的國府對台人不甚信任，而且保有一種大中國式的民族主義，如張光直的早期認為台灣的史前住民，全由中國大陸所移去，他本人也提出了所謂的龍山文化形成期的概念，他本人也承認，這時的民族主義要高過於學術，學術的目的是為了證明中國文化高過其他層次的文化。
(三、)台灣史的勃興-台灣史田野研究室(1988)
1960~70年代，由張光直，宋文薰先生領導的大型合作計畫，開始以「考古的角度」，而不是早期歷史的建構出發，這種史前文化史的建構，在「濁大計畫」中被期望建立，濁大計畫主張、濁大流域生態系統的變化史，濁大流域的文化史及文化在考古學中的定位(張光直1997)，張光直主張考古學就是一個僅此一家，絕無分店的歷史，張光直同時倡導了有前瞻性的台灣歷史，包含了台灣是中國地方史，日本占領下50年的歷史，以及最重要的漢番關係史，但這段期間的資料多仰賴於容易取得資源的清領與日治時代，而且多是文字史料。
而在1972年，張光直先生代表美國耶魯大學，中央研究院，與台大合作的「濁水大肚兩溪流域自然與文化史科際研究計畫」，入藏了濁大計畫中發掘出來的考古標本，這是考古組引入台灣史考古學的契機，並在1990年代後擴展至東南亞。
(四、)興盛-南島語族起源問題
80年代，台灣解嚴，這時的歷史思考開始更偏向於本土，並對於原住民的考古研究提出更多方向，其中包括「史前時代與原住民之間聯繫，原住民考古人才的培育」，此階段最重要的議題便是南島語族的研究，台灣是最北端的南島語系地區，Peter Bellwood和Robert Blust提出了台灣是南島語族的發源地，這類學說引起了官方的高度重視，也凝聚了台灣人的意識，因為尋本溯源，使生物人類學了解自己的祖先，會有助於史前人類活動史的重建。
(五、)台灣考古學的分期
根據學者陳瑪玲女士的分期，台灣的考古學大致上有以下分類:
1.1896~1930 日治初期(器物)
以古器物，器物的圖錄(Gallery)，主要集中在器物本身的形態風格，製作技術，背景與年代。
2.1930~1960 約日治晚期到國府來台初期(遺址與器物文化)
以遺址調查，發掘與整理為重，而器物方面更著重於其文化背景，關注古代人群的遷移與各人群的互相關係等。
3.1960~1970(環境與人的互動)
以人與環境之間的互動為主，研究人群如何去適應環境，環境如何去影響人類對於聚落與居住地，工作，以及生產模式的選擇。
4.1970~(社會結構與組織)
包括了前述幾點外，還包括了貿易，經濟，族群分類，南島語族(Austronesian)之間的關係。
(六、)台灣考古學的重要事件
1965年的濁水大肚兩溪流域自然與文化史科際研究計畫
1970年李光周的新考古學
1980年的卑南遺址搶救計畫(宋文薰，連照美)
