(一、)荷蘭人在澎湖
第一次到澎湖
荷蘭人首次來到澎湖是在1604年，約明朝萬曆33年，在荷蘭東印度公司(Vereenigde Oostindische Compagnie 簡稱VOC)，派遣Texel遠航至南洋，目的是為了達到與中國貿易的目的，但遭遇東北強風，在1604年停靠在澎湖馬公灣，他們在島上留了一陣子，僱用了李錦與潘秀兩位漢人商人，向當時的稅監高寀賄賂，荷蘭人在島上待了130天，想與中國明朝通商，但仍期望落空，1604年韋麻朗為沈有容所逼退。
第二次到澎湖
1609年，在日本平戶開設了荷蘭商館，荷蘭人為了要與西班牙人(占據馬尼拉)，與葡萄牙人(澳門)競爭，當時的西班牙在菲律賓政府企圖阻擾荷蘭人的商路，訂定計畫要在台灣島上建立根據地以支援中國的商船，巴達維亞(雅加達)的荷蘭首長Coen以雷爾生(Reyersen)為司令率領艦隊到中國海，並要他攻擊澳門並占領之，若無法占領則前往澎湖。然雷爾生的進攻遭到西葡聯軍打敗，被迫轉入澎湖。占領澎湖期間在島的西南角築城，是為風櫃尾城。
決定逐成不久，明廷的官員就來到澎湖來進行交涉，並不希望荷蘭人留在澎湖，中國方面說服荷蘭人前往台灣，並答應會派商船前往該地貿易，荷蘭人在抵達澎湖後，就立刻派船阻擾中國商船前往馬尼拉作生意，甚至擊沉中國兵船，並擄掠沿海居民作奴工。之後荷蘭人在南居益的威逼利誘下，在1624年宋克(Sonck)的指揮下離開了澎湖，並拆毀澎湖的堡壘前往台灣。
第三次到澎湖
1662年，熱蘭遮城(Zeelandia)被鄭成功所攻陷，巴達維亞方面也派出了軍隊試圖收復台灣，在1662年下旬開往福州與中國官員交涉，但是沒有成果，於是荷蘭船隊再次登陸澎湖，在4月7日展開作戰，荷蘭人在擊退鄭氏200餘人後，在島上強徵糧食，並焚燒當地媽祖廟宇房舍。之後荷蘭船隊就回到了巴達維亞。
(二、)荷蘭人與明廷的互動
韋麻郎(Wybrand van Warwijck)還在大尼時(北大年)，他所雇用的商人李錦與潘秀便建言韋麻郎以財貨賄賂當時的福建稅監太監高寀，以潘秀作為送信人，但沒多久福建當局就把潘秀下獄，韋麻郎就不在送信，而指揮船隊打算前往澳門，但途中遭遇風暴停泊在澎湖，當時明朝的慣例，在春冬兩季會出海遠航，並在此期間守備要地，此時春汛結束，荷蘭人也順利登島，韋麻朗毀壞當地官署與廟宇，使得福建方面派出了泉州的沈有容前往澎湖，福建當局捨近求遠的派沈有容一來是當時澎湖裁軍嚴重，1597年日本關白豐臣秀吉入侵朝鮮，在此期間閩海地區增兵，日本撤離朝鮮後，明朝財政出現問題，澎湖也跟著裁減軍備，澎湖在萬曆29年大約剩守軍600人，所以必須求援於沈有容，而沈的官階要高於澎湖遊兵，且擁有浯嶼水寨官軍，所以沈有容就負責了勸退荷蘭人的工作，總之韋麻郎在浯嶼艦隊的數量優勢下撤退了。
(三、)荷蘭東印度公司在台灣的行政
一如在其他地方(日本平戶)，公司的長官是當地政府的首腦，同時也是「福爾摩沙議會」的主席，這個議會除了長官外，還包含了四個高級商務人員，部隊指揮官，以及秘書。其也設有法院(Court of Justice)，後來隨著市鎮的大規模發展以及漢人的來台，又設置了治安委員會，與財產管理委員會，而在治安委員會中，漢人占了兩個名額，而財產管理是三名，參與政府的漢人又被稱為Cabessas，「頭家」，這些頭家也同時是荷蘭人的收稅員，但其與荷蘭人的關係相當緊張，而巴達維亞方面也不願意指定一名甲必丹為10個頭家的首長，在巴達維亞的漢商就有總督Coen的任命。
而在台灣的漢民則被收取極高的稅賦，他們認定中國的貧苦勞工們多半把積蓄放在大陸的家人一處，而對他們抽取人頭稅，漢人多採用一不安全也不防火的木材與磚頭築房，雖然房舍簡陋，但台灣的房價在大量漢民流入後價格大漲。漢人的墾戶也行使保甲制度，以10戶為一單位，是地方的自治團體，主要行使在農村地區。漢人與荷蘭人的衝突在1652年(郭懷一事件)爆發，漢人死傷甚重，荷蘭人也感受到了派任地方官員的重要性，在普羅民遮城新設法院，由漢人的兩名頭家與兩個荷蘭治安委員擔任。荷蘭人似乎認為中國人的信仰難以改變，且害怕信奉基督教的漢人會影響到荷日貿易，因此較無傳教工作。
但實際上台灣這個荷蘭殖民地，本身的港口並不理想，熱蘭遮城的港道越來越淺，吃水4~5公尺的荷蘭船其實已經難以入航，常常停留在航路上而被颱風吹毀，而對中國的貿易也隨著1644年明朝滅亡與滿人入主中原而衰退，另外國際上，葡萄牙人征服荷屬巴西(1654)後，糖價大漲，使荷蘭人擔心台灣糖的高生產量是否會使糖價大跌，到了1661年，鄭成功率軍來台，荷蘭巴達維亞方面對於派兵增援保持了否定態度(雖然在台灣陷落後仍派了一支援軍往澎湖)，因為他們已經在物色其他更有價值的殖民地了。
