2003年6月12日，在東京新宿的上空，巨人和龍突然出現，雙方持續激戰，最後巨人崩潰，龍獲得勝利。日本派出自衛隊擊落紅龍，防止災害擴散。後來，人們從龍的遺體上發現一種前所未知的粒子，稱之為「魔素」，亦是「白鹽化症候群」成因。另外，有記錄稱有一個青年人騎乘在龍背上，但未能確定更多詳情。
Legion（レギオン）
幸免一死的白鹽症病人個性會變得凶暴殘忍，身體機能上昇但智能下降，四處襲擊沒有感染的人類。隨著病情惡化，白鹽症病患者不一定能保持人類外貌，可能會變成怪物的模樣。白鹽症可說是異世界神的詛咒，抵抗神的病人會死去。服從的話，病人會依照契約Legion化，執行神的命令讓世界歸於虛無。所謂「異世界的神」就是《DOD》的「神」。（Legion即是帝國軍吧？）
紅眼（レッドアイ）
魔素感染度高、有著紅色眼睛的Legion。和一般Legion不同的是，「紅眼」保持著原本智商，可以統率Legion大軍，積極執行滅世任務。類似《DOD》Manah般的存在。
多元世界論（多元世界説）
從紅龍遺體的研究中得到「多元世界」的結論，並且發現一種被稱為「魔素」的新粒子，從而得到使用魔法的能力。
Gestalt（ゲシュタルト）
人們透過魔法確立抽出靈魂的技術，被抽出的靈魂稱為Gestalt。雖然Gestalt可以避免感染白鹽症，但經過一段時間後，Gestalt會逐漸失去智能和自我，成為「崩壞體」。不過這個缺陷在日後得到改善。技術確立初期，只有富裕人士才有財力接受Gestalt治療。
（亂入：我個人的想法是，Gestalt化並非把人分裂為「肉體」和「靈魂」兩個部份，而是把人轉化成Gestalt。不這樣理解的話，下面會越看越亂……![]()
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螢光素酶Luciferase（ルシフェラーゼ）
針對白鹽症的藥，雖然不能完全抑制病症，但可以延緩發作的時間。服用的人越年輕，此藥便越有效。「十字軍」多有服用
螢光素酶。
哈默爾恩機關（ハーメルン機関）
（哈默爾恩Hameln是童話故事《魔笛手》裡那個鼠患城市。）
專門發掘和培養能與Legion對抗的「十字軍」。原本和推行Gestalt計劃的「世界淨化機關」有所關連，但由於得到許多大型企業背後支持，漸漸變得神祕隱閉起來。
（因為螢光素酶對年輕人特別有效，所以「十字軍」由10+歲孩子組成……難道那個「十字」，是「十字頭」的意思？！![]()
有預感NieR二代會從中取材……且慢！沒有Nier的作品還能叫NieR嗎？）
國立武器研究所（国立武器研究所）
由於哈默爾恩機關的堀起，日本政府為加強軍事實力，成立了「國立武器研究所」。Halua和Emil就是被這個機構改造成魔法兵器的。
Replicant系統（レプリカント・システム）
從Gestalt化的人類取得Data複製而成的「複製人」（不具備繁殖能力）。為方便管理，Replicant被魔法賦予虛擬人格。只要Gesault和相應的Replicant結合就能回復成原本的人類。開始時Replicant並沒有主體意識，但在漫長的生死輪迴裡，突然萌生自我。此外，侵蝕Replicant的黑文病，就是因為作為Data Source的Gestalt步向「崩壞」而產生的錯誤。
（Replicant死亡→抄Data Source→Replicant復活，這過程千年不斷。黑文病可以理解為Data Loss嗎？![]()
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Gestalt計劃（ゲシュタルト計画）
世界淨化機關推行的計劃，最終目標是將全人類Gestalt化，把驅除Legion的任務交給Replicant們。等到根治白鹽症和Legion後，再利用「黑之書」和「白之書」把全部Gestalt送回Replicant的身體裡。
（很奇怪！千年以來到底有沒有「真正的人類」在幕後操蹤？把Replicant系統和Gestalt計劃通通交給Android真的好嗎？![]()
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黑之書計劃（黒の書計画）
Gestalt計劃的一部份。利用魔法製造了13本「封印之書」，「黑之書」和「白之書」正是其中兩本。透過融合黑白兩書的強大魔力，能強制將全部Gestalt回歸相應Replicant的身體裡。
崩壞體（崩壊体）
之前提及由於Gestalt自我崩壞，曾一度令Gestalt計劃受挫。世界淨化機關為了尋找防止崩壞的疫苗（魔素），開始招募（欺騙）貧苦大眾做實驗。新宿Nier和Yonah不幸成為白老鼠被帶到實驗室。
接受實驗的人每人都得到一本「黑之書」（只是複製品，不是原書）。Nier眼見觸碰「黑之書」的人一個個糊裡糊塗地變成Gestalt，大驚之下帶著妹妹逃離實驗室。不過到了最後，Nier和Yonah還是逃不過Gestalt化的命運。雖然Gestalt Nier能夠幸運地保存自我，但體弱的Yonah卻馬上開始崩壞。Nier為了保護妹妹，接受了世界淨化機關的提議，成為「Original Gestalt」向其他Gestalt提供「保護自我」的魔素，讓妹妹得到1000年的免費冷凍睡眠。
一千年後，Gestalt Nier發現事態毫無改善，開始擅自行動。與此同時，崩壞體的案例日增，管理人Popola和Devola認為和魔王擅自行動有關，但無法阻止，只好引導Replicant Nier收集「封印されし言葉」，提前執行「黑之書計劃」。
創作內容
NieR設定資料集Grimoire NieR／幾個關鍵字
還有，Caim那麼大的人都找不到？是不是政府把他藏起來？）
有預感NieR二代會從中取材……且慢！沒有Nier的作品還能叫NieR嗎？）
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The person doubts the source of the last paragraph. Actually it's also from the guidebook:『だが、このエラーは一説によると、ゲシュタルト計画を担当したプログラマーの作為的ミスだったようだ（彼はレプリカントこそが世界を統治すべきと考えていた）。』）
NieR: Automata (3)