大谷吉繼,六角家臣大谷吉房之子,另有一說為秀吉的私生之子。永祿2年出生在近江。天正初年成爲秀吉的小姓受到寵愛,與當時同為秀吉小姓的石田三成結下了長達一生的友誼。
天正10年本能寺之變以後,秀吉掌握了實權。天正11年爆發羽柴秀吉和織田家老柴田勝家之間的「賤岳之戰」。當時吉繼成功將遊說了當時柴田方的長濱城城主柴田勝豐,使他成為豐臣軍的一員,立下足以和賤岳七本槍匹敵的大功。
天正13年7月,授予従五位下刑部少輔。此後被人稱爲「大谷刑部」。
天正14年在九州征伐中和石田三成一起擔任兵站奉行提供後勤支援立下功勞。
天正17年授予越前國敦賀郡,南條郡,今立郡5萬石成爲敦賀城城主。
天正18年在小田原之役中擔當従軍,接下來的奧州征伐中在出羽擔任檢地的任務。文祿元年秀吉的出兵朝鮮的文祿・慶長之役中擔當船奉行,掌管船舶的調度以及物資的運輸。同年6月奉秀吉之命渡海和大明談和。文祿3年參與建造伏見城。
秀吉曾誇譽他為「予吉繼百萬大軍,必可指揮自如」。」
慶長3年豐臣秀吉逝世以後,與五大老之一的德川家康親近。慶長4年,爲保護家康免受前田利家襲擊,和加藤清正,福島正則等豐臣家武將派保護德川的宅邸。曾經為特意派部下到伏見城,阻止前田利長的「家康暗殺計劃」,而他也跟榊原康政解決宇喜多家的內部問題。
後來上杉景勝向德川家康宣戰,德川家康向全日本大名作出動員令討伐上杉景勝,即為「會津上杉征伐」。大谷吉繼出兵協助德川家康,途中經過失權的好友五奉行之一的石田三成的居城佐和山城。
爲了緩解石田三成與德川家康之間的緊張關係,大谷吉繼希望石田三成讓兒子石田重家跟隨自己出征,石田三成卻反過來邀請大谷一同對德川家康舉兵。大谷連說三次「三成啊,沒有勝機」,結果雖然明知沒有勝算,仍然不忍背叛好友而加入西軍。
當時的大谷吉繼非常擔心石田三成張狂的性格,曾經奉勸三成「收斂一些、爲了豐臣家的安泰不妨跟隨家康。讓毛利輝元和宇喜多秀家在前面牽制,你在後面活動」。石田三成起先聽從勸告,可是西軍舉兵之後又逐漸恢復老樣子。
成爲西軍首腦之後的吉繼返回敦賀城,爲了牽制東軍的前田利長,拉攏越前、加賀的大名們。成功贏得丹羽長重、山口宗永、上田重安等大名的支持。前田利長侵攻北之庄城時大谷吉繼散佈假情報使利長動揺。8月前田軍聼了假情報後撤退,途中遭到丹羽軍襲擊(淺井畷之戰)。最後迫使利長退回金澤城,使得他無法參與關原之戰。
9月吉繼在三成指示下率領脇坂安治、朽木元綱、小川祐忠、戶田勝成、赤座直保諸將襲擊美濃。9月15日,東西兩軍正式展開關原之戰。吉繼率領大谷一族和戶田,平塚為廣5700人在關原西南山中的藤川台一帶佈陣。吉繼乘轎指揮部下和東軍的藤堂高虎、京極高知激烈交戰(也有說大谷軍指揮是由平塚為廣代為指揮),成功牽制敵人。
然後又在松尾山佈陣,戰前預計小早川秀秋會叛變投敵,派出600人的直屬部隊直接狙擊小早川秀秋的1萬5000人。在脫離前線的戶田勝成和平塚為廣加入之下,一度將小早川秀秋逼退500米達二、三次,並擊斃東軍派在小早川秀秋身邊監視的奧平貞治。吉繼身患麻風病,所以乘轎指揮。關原之戰時預見小早川秀秋的叛變,因此在秀秋的進軍路線設下了「馬柵欄」。
正要追擊小早川秀秋的時候,脅坂安治、朽木元綱、小川祐忠、赤座直保四隊4200人皆叛變投靠東軍,大谷軍被包圍,西軍也因此潰敗。最後他找下屬切腹自盡,介錯為湯淺五助,享年42歲,他的墓在關原戰場裡。切腹後頭顱由湯淺五助砍下埋葬,未被德川軍發現。遺言「重友情,六道輪回先行一步又何妨」與平塚為廣的遺言「爲大義,死何足惜我輩名聲必流芳」相互呼應。
──大谷吉繼的遺言
「三成,與君期於地獄。」這即為吉繼遺言中的真正意涵。
──逸話
在大谷吉繼晚年的時候,罹患了齋藤義龍也曾得過的麻風病,在當時來說是絕症,同時使他雙眼幾乎至失明,需要以白布遮掩容貌使其他人看不見。實際上在關原之戰爆發前幾年裡,他專心療傷。
據説有一次茶會中,前來參加的豐臣諸將用同一個茶碗輪流飲茶。大谷吉繼喝過以後其他人都怕被傳染麻風病而不願碰那個茶碗,只有石田三成絲毫不猶豫就把剩下的茶全部喝下(更有甚者説大谷吉繼飲茶時臉上的膿水滴進茶碗裏,石田三成眉頭沒皺一下連茶帶膿一口而飲),像沒事一樣繼續和別人説話。大谷吉繼因此深受感動,明知沒有勝算仍然在關原之戰中站在石田一方。
與石田三成之間的深厚友誼,在人情淡漠的戰國時代實為難能可貴,因此被傳為佳話。