#1 [ 溺死的小女孩與蔓藤怪之謎 ]
動畫圖鑑：這是蔓藤怪，藤狀神奇寶貝。全身有蔓藤覆蓋住，裡面的內容完全不明。
遊戲圖鑑：藍色藤狀植物纏在一起，看不到本來面目。會纏住接近的物體。
位於主人公的初始城鎮真新鎮下方（21 號水道），有一塊使用衝浪通過才能接觸的草叢，在第二代金／銀遊戲中，也就是第一代時間軸的 3 年後，似乎是受到海水的沖刷，陸地的面積變小了。而位於此塊草叢出現的蔓藤怪，傳言是該地過世的小孩的化身，而同樣在此地出現的吸盤魔偶則是穿著布偶裝的蔓藤怪...。
那裡的草叢很接近河道，所以經常有人特意來此釣魚，有些小孩更會來這裡玩耍。某日，一名小女孩在河邊玩耍時，遭到蔓藤捆住而溺死後，從此下落不明。其後為了避免兒童摔進河裡，建造了柵欄把草叢隔開。
「牠們會把人拉到水裡，只因為感到非常地寂寞與孤獨.....。」
蔓藤怪腳下的長靴或許就是那個小孩的穿著，也有人說那個死掉的小女孩就是在第一代四色版本中，始終沒出現的女主角－「小藍」。她身上的穿著正好就是連身裙配短鞋.....。「Poke 書」也曾用漫畫的方式把這個傳說給畫了出來。
#2 [ 拉達之死 ]
紫苑鎮
神奇寶貝塔：上圖中的右上處。
許多訓練家安置死去的神奇寶貝之處，每一層都放滿了已死神奇寶貝的墓碑。
在枯葉市的豪華客船聖安奴號上你打敗了你的勁敵，之後你就再也沒有見過他，直到一日你踏入了紫苑鎮，進入了神奇寶貝塔，那有許多死去的神奇寶貝安息於此，突然間，你在神奇寶貝塔撞見了他，並進行了一場戰鬥。
「勁敵為何出現在神奇寶貝塔.....？」
上為勁敵於豪華客船的隊伍，下為勁敵於神奇寶貝塔的隊伍
你勁敵的拉達已經竟然不在他的隊伍裡面了。是的，拉達已經離開他的隊伍了，但拉達為何會從隊伍中消失了......？
「你殺了你勁敵的拉達。」
「你的勁敵之所以會出現在紫苑鎮，就是為了安葬拉達，而拉達就是你殺的。」
沒錯，當時在豪華客船聖安奴號上，你勁敵沒辦法從那混亂的船艙中趕往至神奇寶貝中心，最後導致他心愛的拉達沒了心跳。
#3 [ 血腥的戰爭 ]
當年玩家玩著神奇寶貝，玩著玩著發現為何遊戲世界裡面的中年男子會如此的少？為甚麼那些天天找玩家決鬥的訓練師大多都是小孩子？為甚麼有這麼多的小孩好像沒人要一樣四處流浪著？反倒是遊戲中出現為數不少的老年人，以及中年女子。
「主人公的爸爸呢？勁敵的爸爸呢？」
在第一世代中的第三道館館主「馬志士」曾提到，他當年差點死在一場血腥的戰爭中，幸好當時他的神奇寶貝救了他。也因此，有人猜測在那戰亂年代，關都地區發生了一場血腥的戰爭，許多男人都死於那場戰爭下，也包含了主人公及勁敵的爸爸。
#4 [ 蓋諾賽克特的真相 ]
「所必需的……最強的神奇寶貝……」
首先根據蓋諾賽克特可習得的招式與等級中發現，這隻神奇寶貝竟和過去震驚全世界的「911 事件」有不尋常的關係。911 原本是用來報警的電話號碼，而恐怖份子鎖定這一天進行可怕計劃，顯然是對美國的挑釁。
2001 年 9 月 11 日，美國航班公司有許多早晨起飛的飛機，第一架撞上世貿中心的是一架波音 767 飛機：美國航空的「11」號航班，與最後襲擊五角大樓的是一架波音 757 飛機：美國航空的「77」號航班相呼應。
同時，智利的總統宮殿，其實也就是合眾的神奇寶貝聯盟裡的冠軍神殿，而且冠軍「阿戴克」所攜帶的部分神奇寶貝的共通點均為被「火」剋。推測 911 事件的兩棟大廈被飛機撞上發生火災，並且在短時間內倒塌有關。
「而這也代表了蓋諾賽克特的最大弱點：火４倍」
#5 [ 紅色的暴鯉龍 ]
在第二世代中，根據原始設定其實它本來是一條鯉魚王，但被火箭隊強迫進化，且由於進化不完整，以致保留了原本的紅色。
不過事實並非如此，這座湖本來的名子並非為憤怒之湖，而是叫鯉魚王之湖。以前很多鯉魚王生活於此，導致漁民大量捕獲鯉魚王，成為桌上佳餚。漁民把吃剩的魚骨丟進了湖，令去世的鯉魚王得到重生。
「絲毫沒有感謝之心的人們，終究會遭受到報應......。」
但隨著人類濫捕鯉魚王而終於遭到了報應，在湖中一隻進化為暴鯉龍並吃掉所有漁民，其鮮血在體內產生變化使暴鯉龍的身體染成紅色，原本的鯉魚王之湖改稱為憤怒之湖名子的由來也來自於此。
#6 [ 袋龍與可拉可拉的身世之謎 ]
動畫圖鑑：袋龍，親子神奇寶貝。那是母親用肚子的口袋撫養小孩的珍貴神奇寶貝。
對照兩者從中可發現兩者的頭型、腳趾、尾巴是如此的神似，就連蛋群也都是怪獸，而且，可拉可拉、嘎拉嘎拉及袋龍的棲息地都在岩山隧道裡。
網路上曾流出了「給亂碼怪食用神奇糖果，竟然進化成袋龍了」的說法。因此有人推測這隻亂碼怪真正的編號不是背包上登錄的 NO.000，而在袋龍的前面，百變怪的後面，所以亂碼怪即為袋龍寶寶，不過最後卻未被製造出。
其實在原先設計中「袋龍寶寶」為一隻獨立神奇寶貝，一般正常的進化型理所當然為「袋龍」，但另外設定「若袋龍寶寶母親死去，會進化為可拉可拉」，換句話說，其實可拉可拉是袋龍的小孩，它身上的頭骨和骨頭都是袋龍媽媽死後的遺物，失去母親的小袋龍帶上頭骨就變成可拉可拉、正常的小袋龍平安長大會成為袋龍。
#7 [ 不詳影像 ]
紫苑鎮綜合症是個從最早的四色版就流傳下來的都市傳說，其中之一的「不詳影像」又有白色鬼手、鬼動畫、活埋人型等三種類型。
這個原本被編成「一隻」可以與你對戰的野生神奇寶貝，被加插在紫苑塔的三樓，遊戲中在塔上會和一隻嘎啦嘎啦對決，白色鬼手可能就是最早的構想。白色鬼手被描繪成一隻萎縮、腐爛的手，剝落的皮肉下露出骨頭，手腕部位可以見到肌腱。
值得一提的是，在去年 10 月推出以紅 / 綠版本為腳本的《神奇寶貝 The Origin》電視動畫中，也再度提及了此項傳說。
而活埋人型的圖像是一隻腐爛的屍體企圖要爬出地面。它被設計成有兩隻白色鬼手、一隻
耿鬼和一隻臭泥。有點奇怪的是，打敗了活埋人型後是沒有腳本的。所以，當主角打敗了他，遊戲就會凍結。
「到最後，終於有新鮮的肉吃了......。」
最後他會把主角拖入地下，跑出普通的遊戲結束畫面。可是，在遊戲結束的背景畫面中，是一張主角被活埋人型吞噬了的圖像。出現這一幕後，腳本會指示卡帶下載這個圖像到卡帶的記憶體中，每當遊戲被啟動後，玩家都會見到那張主角被吞噬了的圖像。
鬼動畫中，這些圖像背後的含義是未知的。遊戲首席程式員在視頻遊戲委員會理事會前，宣稱他不知道這些圖片從那裡出來的。在所有的紫苑鎮綜合症中，這個也造成了最大的影響。此圖像被放置在整座塔的幾個地區，包括二樓中間的通道。然而玩家無法與它進行互動，所以這個可能是作為背景特徵的用途。
根據報導：「日本 1996 年 2 月 27 日，神奇寶貝紅綠版發售後數日，突然有許多 10 幾歲的青少年相繼死亡。」至於實際的人數，據說有將近 200 名兒童因紫苑鎮音調喪命。同時被紫苑鎮音調影響的民眾佔 70%，剩下的 30% 則是被這些不祥影像所影響......。
#8 [ 消失於雪山的少女 ]
在第四世代珍珠 / 鑽石遊戲中 217 號道路前往切峰市的途中有一個小屋（北方），裡面有位少女會交給玩家一個道具「のろいのおふだ（詛咒護身符）」。
「...人。...很罕見阿。既然好不容易來到這裡了，就收下這個吧，別客氣。」
然後當玩家踏出門後再進入時，這時交給你東西的那名少女已經不見了...。由於附近也有訓練師也說這裡因為雪大所以也有幽靈出沒的傳聞，消失的少女和真真實實的在玩家手中的詛咒符咒，不管如何這名少女都與「幽靈」逃不了關係...。
遊戲圖鑑：傳說是在雪山遇難的女性的化身，留在了大雪紛飛的土地上。
這也讓人馬上聯想到了神奇寶貝「雪妖女」，而且由它的特性來「雪裡隱身」、「詛咒身軀」，也就是說那個女性的真實身分是......。另外詛咒護身符是提升幽靈系威力的道具，也就是說自己失去了提升靈力的道具，所以主角就看不見了？
#9 [ 三神柱與二次世界大戰 ]
相信有玩過的玩家都知道第三世代紅寶石 / 藍寶石的遊戲舞台是以日本「九州」為藍本設計的虛構地區豐緣地區。
上為遊戲豐緣地區，下為日本九州
根據雷吉洛克、雷吉艾斯、雷吉斯奇魯這三隻的神奇寶貝所現身的位置，此時若把遊戲中的地圖 90 度旋轉後會發現，這三隻神奇寶貝出現的地點正是第二次大戰發生大規模空襲的地點。
若回憶這三隻的最初的招式－「大爆炸」，回憶意即過去、雷吉之意即為原爆。然後是與三神柱有關的布告石室裡的點字，一般來說點字是給眼睛不好的人使用的文字。而三神柱裡的文字分別被翻譯出：
「我們住在這個洞裡 在這裡生活」
「這一切都歸功於神奇寶貝」
「不過 我們把那隻神奇寶貝封印起來」
「因為實在太可怕了」
「勇敢的人們 未來充滿希望的人們」
「把門打開吧 永遠的神奇寶貝就在裡面」
「帶著新時代與希望和愛 以天空為目標」
以上的句子內容似乎就像是戰亂中記錄的日記，如果再綜合以上句子的話，可得出的結論就是，一般人在戰亂入面，為了逃避來自天空的要脅，躲了在洞穴裹，而幫助他們挖出的山洞的就是神柱。
「期望世界永遠和平」
最後在珍珠 / 鑽石中，位於切鋒市的雷吉奇卡斯的位置正好是北海道的宗谷支廳，裡面的稚內市有許多紀念因戰爭而死的人們的慰靈碑，其中裡面有一個名為祈求之塔的高塔，其表達的涵義如上，正巧與點字的最後一句「永恆的希望」達成呼應的關係。
#10 [ 耿鬼的秘密 ]
在第一世代紅綠版中搭船去一個地方、或者是在枯葉港對卡車使用密技的話，畫面會出現「genga-ha nakahasikoyo」的字樣，這句話也帶來了兩種意思：
「原畫是中橋高洋」
「ゲンガ（耿鬼）是中橋高洋」
但從遊戲結束後的製作人員名單中發現，沒有任何叫做中橋等之類的人名，另外，再第一世代中，幽靈系神奇寶貝就只有鬼斯、鬼斯通、耿鬼、而耿鬼卻偏偏變是人型。如果原畫是中橋先生畫的，而製作名單上找不到人，那麼就表示中橋先生在完成全部的神奇寶貝時，就已經離開了...或者是畫完了耿鬼時......。
而確實有少數網友聽說這件事情，在金銀版聽耿鬼的叫聲時把速度放慢並倒轉，可以聽出「koyo 請原諒我」的句子。不過或許幽靈系當初也是為了紀念而特別放進去的...
#番外
在神奇寶貝世界中，有些設定實在令人感到相當毛骨悚然......。不說你可能不會察覺，勇吉拉其實是由人變成的，根據遊戲中的圖鑑上解釋：「某個早上。超能力少年在床上醒來，變身成了勇吉拉。」
其實神奇寶貝間彼此也有食物鏈，在動畫中也有暗示這一點，像是小智從一群比比鳥嘴下救出綠毛蟲、喵喵某集想要把鯉魚王吃掉等等。
而人類也會吃神奇寶貝，大蔥鴨就是因為太好吃了，而被吃到瀕臨絕種，而據說可拉可拉的頭骨熬湯也相當美味。在食用神奇寶貝完畢後，只要把骨頭弄乾淨並且埋到土裡，這些骨頭就會植物一般生出一隻全新的神奇寶貝。
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GNN (625)
