雅科布市事件結束之後，人類與雷普利慢慢能夠和平相處，非正規獵人部隊也很快解散，艾克賽爾、艾克斯、傑洛三位獵人，還有他們搭配的雷雅、怕蕾特、艾莉雅等領航員也都被封印，以節省保養的成本。
雖然說是為了以備不時之需的措施，但人們是健忘的，非正規獵人們為了和平奮戰的事實很快變成了故事、故事又變成了傳說，這些原本應該聚集在一起的戰力因為各種政治的紛爭，被分散在各處、被大家遺忘，不久之後，人類與雷普利的爭端再起，爆發妖精戰爭。在這場戰爭中，塵封的傑洛、艾克斯被重新啟封。
妖精戰爭的結果極為慘烈，大部分參戰的雷普利都犧牲，好在當時反抗部隊的領袖-雪兒-在戰爭結束後費盡心力，四處蒐集資料與零件，重建了艾克斯、傑洛兩位獵人，還有曾經與他們打得不可開交的四天王-赫爾琵亞、法布尼爾、蕾薇亞丹，以及幻影；他們移轉到「沙庫巴市」西南方的大荒漠中，重新建立一個永久性的非正規獵人組織，以應付各種突發狀況。
一場原本會以悲劇收場的大戰，最後有了稍微令人安心的結尾。
身為人類的雪兒離開之後，艾克斯等六位主力及3位領航員，共同組織基地的運作，他們還找回了以前的老上司-席格納斯-作為他們的指揮官。
妖精戰爭結束後，人類與雷普利度過了相對漫長的和平時期，沒有衝突、沒有病毒、沒有陰謀，在這段時間裡，除了一些偶發的意外，沒有什麼大事，人們亦再度認為大的戰爭不會再起。
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沙庫巴獵人基地是一座坐落在城市邊緣的設施，它的規模適中，裡面除了艾克斯、領航員們之外，還有很多負責各項業務的雷普利與人類，一般時候大約都有幾十個人在運作，他們與鄰近的海港小鎮-沙庫巴鎮相處良好。
沙庫巴緊鄰海洋，基地裡的任何一棟建築，都可以當作觀賞海景的展望台，就軍事基地的角度來說，已經是接近別墅等級。
朝陽從海的那一側照來，一個身影坐在居住大樓樓頂的水塔頂上。
這個人身穿赤紅色的頭盔、上身穿著一件赤紅色的背心狀護甲，看上去有點厚度、保護力很強，但仔細觀察會發現那是軟質的，可以隨著身體的活動而彎曲，也會隨風飄揚，長長的金髮在後面綁成一束，從頭盔中延伸出來，頭盔正前方的亮綠色水晶在陽光的照耀下顯得更加耀眼。
傑洛坐在水塔頂，看著太陽一點點地升起，堅定的眼神和嚴肅的表情慢慢被照亮。
一天又要開始了。
「你果然在這裡」
一個沉穩、熟悉的聲音從背後傳來。
艾克斯緩緩爬上水塔，和傑洛很類似，他的裝甲已經經過改良，使用了和傑洛一樣的技術，胸甲換成了軟式的背心狀護甲；傑洛對於這個身影和外觀再熟悉不過，這套依照COPY-X製作的裝甲，是艾克斯的新模樣。
「你這幾天都跑來?」艾克斯不解地問。
「啊…來看看風景，想點事情。」傑洛的口氣乍聽之下沒有什麼，但是卻帶了點寂寞。
艾克斯不用猜也知道他在想什麼。
「還在想那個小子的事情?」
「嗯…」
「艾克賽爾啊…自從那時候我們三個人被封印，我就再也沒有見過他，整個妖精戰爭期間也都沒有人找到他的蹤影…」
「我們除了處理任務的時間之外都在找他，真不知道還有沒有機會見面呢…」聽完傑洛的陳述，艾克斯也沉重的回應。
對於艾克斯和傑洛這兩位資歷最老的戰將而言，雖然熬過了這些漫長的日子，但還有一件事情讓他們耿耿於懷：他們的另一位老戰友-艾克賽爾-至今仍不見蹤影。
被封印的戰鬥用雷普利能夠像他們這樣因為各種原因被復甦的在所多有，但是更多則是因為沒辦法一直維護，而面臨拆毀的命運，就算再有什麼戰功、再有什麼成就都一樣，尤其資訊的時代大家都非常健忘，更加不懂得珍惜。
而艾克斯和傑洛則始終相信艾克賽爾仍然靜靜躺在某處，等著他們去帶他回來，而趁著這段比較沒事的日子，他們也開始認真尋找艾克賽爾的下落。
嗶嗶嗶嗶嗶嗶!
傑洛身邊的呼叫器響起，通知音結束之後就逕自接通，裡面傳來的是艾莉亞的聲音。
「傑洛! 艾克斯! 你們在哪? 我們發現特別的狀況，獵人部隊需要緊急出動。」
「收到了，我們過去指揮室!」傑洛抓起呼叫器簡單的回答。
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傑洛和艾克斯進入指揮室，大家都已經在簡報區就位了。
艾莉亞在有一面大螢幕的簡報台上準備進行說明，下面的座位則有席格納斯、雷亞、帕蕾特，還有赫爾琵雅等4個人，是難得的全員到齊。
「今天早上，我們接到訊息，顯示沙庫巴市西北方150公里處的大城-坎普 有非法大規模走私活動。」
艾莉亞一面說一面切換大螢幕上的畫面，上面顯示一張不很清楚的照片，看起來是什麼人偷拍的，照片裡是一個被拖曳著的雷普利封印膠囊，還有其他的照片是一箱箱看起來裝有武器的儲物箱，算來將近有1、200個。
「這應該是妖精戰爭結束之以來，發現最大宗的走私案件，根據其他的消息，這些走私販有相當程度的武裝。」艾莉亞繼續說明
「這麼大規模的走私，他們的身分是誰?背後都沒有其他主謀嗎?」傑洛謹慎地發問。
「目前沒有詳細資訊，坎普城的警務官員告訴我們這只是一個單純的走私，但是他們的警力光是負荷是中心的治安就很吃緊，才要求我們協助。」艾莉亞回答。
在場的大家陷入了一陣討論。
「各位，雖然我也覺得不單純，但是既然坎普城有需要，我們就出動，這次的任務就請傑洛、艾克斯執行，其他人保持待命，隨時有可能需要支援。」身為指揮官的席格納斯最後結論。
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傑洛和艾克斯城坐直升機來到坎普城的機場已經傍晚，天色漸漸暗了下來，夜晚正是走私集團活動的時間。
坎普城是這周邊人口最多的大城，但是城裡龍蛇雜處，有著高級的商業區，但也被綿延的貧民窟包圍，到處都是的電子霓虹燈，遠遠看起來是個充滿科技感的城市，但近看才發現它藏汙納垢，警方維持治安的能力僅止於幾個特定的區域，其他地方都有幫派、混混、有力人士掌握，犯罪、槍擊天天都有，很難想像人類文明即便有了科技的輔助，這些問題依舊存在。
傑洛與艾克斯迅即前往坎普城東北邊緣的一處貧民窟，這裡早已破敗到杳無人煙，但因為有一些離開城裡的幾個小道，比較不為人知，但是可以通往鄰近的沙漠地帶或轉往港口，一直是走私的理想通道。
他們在一棟空無一人的15層樓房裡面埋伏，等待據判斷可能從附近經過的走私商隊。
半夜2點左右，原本寂靜的無人廢墟遠方傳來電動引擎特有的高頻聲。
果然不出這幾位老練獵人的判斷，走私運輸隊的車隊正緩緩開往駛出坎普城的小徑。
傑洛和艾克斯從遠方靜靜地觀察，這支車隊不但特意選用安靜的電動引擎、還不開車燈、刻意壓低速度，希望儘量減少額外的聲響，除此之外，周邊還有許多持槍的護衛隊。
「這裡是傑洛，回報沙庫巴基地，發現目標，請協助辨識。」傑洛輕聲用無線電呼叫總部。
「沙庫巴基地收到，這裡是艾莉亞，已經透過無人機確認，就是我們要找的目標，而且沒有掃描到人類。」上百公里外的基地，艾莉亞和待命的眾人都在指揮室裡，看著預先部署好的超高空無人機傳回來的畫面。
沒有人類意味著傑洛和艾克斯可以少一些擔憂，雖然在應對犯罪行為的時候會不得已要對人類開火，但是對於傷人，甚至要奪取別人性命的事情，獵人們的共識就是儘量避免、謹慎為之。
隨著走私車隊的接近，他們慢慢可以看清楚全貌，護衛的衛兵都是沒有自我意識的非正規機兵。
「奇怪，怎麼突然冒出這麼多非正規品?」艾克斯低聲地問。
「不知道，妖精戰爭之後就沒看過了。」傑洛也以非常小的音量回答。
走私車隊正在經過兩人正下方的雙線道小路，這是這一帶唯一有鋪裝的路面，這時，內建在兩人頭盔裡的無線電響起。
「傑洛! 艾克斯! 我是席格納斯，你們獲准發動攻擊，務必阻止走私車隊!」指揮官的命令傳進耳裡。
艾克斯與傑洛兩個人互相望了一眼，不約而同地從將近40公尺高的伏擊點縱身一躍，展開他們的突擊行動。
這就是老戰友的默契，連一句多餘的話都不必多說。
首先開火的是艾克斯，他在下降的過程中用右手的離子砲連續射擊，迅速消滅十幾個非正規機兵。
轟! 轟! 轟! 轟!
爆炸聲四起，車隊瞬間陷入混亂。
隨後，兩人開起身上的噴射加力器做為緩衝，俐落的著陸，接下來輪到傑洛表演，他從大腿右側容納器中抽出光刀，閃著亮綠色的刀刃，迅雷不及掩耳的
滑行，衝向車隊周邊每一個企圖抓起槍來戰鬥的非正規機兵。
傑洛的光刀削鐵如泥的把非正規機兵一個個斬成兩半。
不到3分鐘，長長10輛大型貨車組成的將近50公尺長的車隊陷入死寂，所有的運輸兵都被非正規獵人給就地正法，不過後來發現都只是一些依照設定好的程序自行運轉的低階非正規機兵，連思考能力都沒有。
「這裡是艾克斯，車隊已經壓制!」艾克斯快速評估現場之後馬上回報。
「收到，請確認他們載運的是什麼貨物。」另一端的艾莉亞也很快回應。
兩人把運輸車的貨櫃一輛輛打開，裡面盡是放滿了武器的箱子，有可以發射飛彈的發射器、雷射步槍、雷射手槍，還有玲瑯滿目的大型機械零件、電子零組件。
「艾克斯，你看看這些，絕對不是憑空變出來的，這一定有什麼希翹。」傑洛的話語斬釘截鐵。
「嗯…還有一櫃特別鎖起來，需要你幫忙。」艾克斯接著說，並望向車隊其中一輛看起來自帶供電設備的貨櫃。
傑洛靠近或櫃尾門，輕鬆的用光刀切斷鎖得盤根錯節的粗鐵鍊。
尾門失去鎖的支撐之後慢慢地打開。
「我們上!」艾克斯大喊
兩人以戰鬥態勢迅速地闖進貨櫃哩，然而映入眼簾的景象讓人目瞪口呆。
自我供電的貨櫃裡內部泛著藍綠色的螢光，裡面有一個封印著雷普利的膠囊。
鐵灰色的外表連接著許多粗壯的管路，透明的強化玻璃帷幕裡，躺著一個雷普利的身影。
這個人有著一身偏藍黑的仗青色裝甲，有的部分帶著紅色的色帶，頭盔和胸口正前方各有一個看起來原本是水晶蓋板的地方被打開，連接好幾條不明的線路，而他全身上下也佈滿著亂七八糟的傳輸線。雷普利無力的閉著眼，隔著淡藍色的玻璃帷幕，還可以依稀看見他額頭上的X形疤痕。
「艾克…賽爾…」傑洛見到眼前的景象不禁呆滯地喃喃自語。
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基地裡的停機坪吹起狂風，載運傑洛、艾克斯等人的任務直升機緩緩降落，周邊待命的人們紛紛低下頭來規避強大的下洗氣流。
直升機緩緩落在坪上，尾門緩緩開起，傑洛與艾克斯立刻下來指揮在場的協助人員，把裝有艾克賽爾的膠囊般往研究室。
研究室除了擔負非正規獵人的維修與研發，也會協助基地裡其他的雷普利的維保。
膠囊一抵達研究室，艾莉亞、帕蕾特與多名輔助人員蜂擁而上，接過膠囊並把它拉到一個排列有多個檢測器的角落。
他們小心的接上膠囊的端子，膠囊裡面儲存的資訊變一條條跳到研究室的大屏幕上，上面顯示的是被封印者的身分與他的現況。
-封印資訊：
--姓名：艾克賽爾
--身分：非正規獵人
--封印狀態：
---系統：正常
---意識：休眠
---能量：低負載狀態
同時膠囊還提供了艾克賽爾全身上下各項零部件的狀態參數，看上去除了一些舊化的小問題之外，他大致上在封印艙裡面被保護得很好。
「系統檢測都沒問題，我們要讓他醒來嗎?」艾莉亞一面忙著在一邊的鍵盤上輸入資料，一面轉頭過問站在一旁看著一切的傑洛與艾克斯。
傑洛與艾克斯兩人又對望了一眼，傑洛從艾克斯的眼裡意識到，他讓自己做這個決定。
貿然開啟封印已久的雷普利會有使他喪失記憶的風險，妖精戰爭期間的傑洛就曾經遭遇過這樣的經歷。
「艾莉亞，我有個請求，請你讓他甦醒的時候務必要注意…」傑洛語重心長
「沒問題啦! 我對他瞭若指掌!」回話的是一旁的帕蕾特，一直一來她都專門維護艾克賽爾，艾克賽爾不在，她實際上也甚為寂寞。
「嗯..那就萬事拜託!」傑洛回應。
「大家都準備好的話，我們要開始艾克賽爾的甦醒程序了!」艾莉亞接著宣布。
「開始輸入系統甦醒訊號!」艾莉亞與帕蕾特棯熟的操作，也一邊複誦著每一個動作，以便進行交互確認。
膠囊發出的淡藍綠色冷光亮度稍微增加，顯示它確實依照指令在做動。
膠囊裡的艾克賽爾身體機能開始慢慢恢復，一道道訊息傳進他的腦裡。
-封印…解除
--系統…重新連線中…….連線完成
---身體狀況檢測...動力核心......正常、裝甲……正常、變身系統……正常、防毒系統……正常………..
----動力檢測…動力低落…請充能…….
（奇怪...怎麼被喚醒了……身體…還不能動…我在哪裡?）
到底是誰把他從沉睡中喚醒? 接下來要面對什麼? 自己沉睡了多久? 過去的同伴們都還好嗎? 此時的艾克賽爾心裡充滿了各種疑問。
因為封印時會將身體的殘餘能量維持在僅能供系統基本運作的程度，艾克艾爾連眼睛都張不開。
艾莉亞一面監控著喚醒艾克賽爾的程序、一面下達接下來的指令。
「初步啟動完成，準備饋入能量，以10分之1流量緩慢饋入，3、2、1，程序開始!」
咻咻咻咻……
隨著整間實驗室電源變壓器增幅的聲音響起，能量透過連接在艾克賽爾身上的線路，緩緩的流進他的身體。
「嗚…呃…」艾克賽爾感覺到能量饋入，慢慢的甦醒，因為想要趕快睜開眼睛，不自覺的發出一些聲音。
「艾克賽爾! 艾克賽爾!」守在一旁的傑洛見狀輕聲叫喚。
「嗚…傑…洛…?」隨著能量逐漸饋入到足以支應一些身體的基本動作，聽覺也很快回復，艾克賽爾用虛弱的聲音回應，並且慢慢的張開眼睛。
映入眼簾的是個很熟悉又很陌生的臉龐，紅色的頭盔和裝甲、金色的長髮綁成一束垂在後面，但是好像又跟記憶裡的那個人不太一樣，在這個人的身後，還有一張熟悉的、擔心的臉孔，他帶著藍色的頭盔，但是整體的外觀也和以前有所不同。
「你是…傑洛?」艾克賽爾狐疑地又確認了一次。
「好久不見了，艾克賽爾，我們找你好久…」傑洛用堅定的語氣回應，但聲音相當的柔性，軟到甚至讓艾克斯覺得很特別，平常那個不苟言笑的傑洛怎麼遇到艾克賽爾就變成這副德行?
「傑洛…後面是艾克斯嗎? 你們的身體怎麼…唔唔喔!」不等艾克賽爾說完，傑洛便迫不及待地用把他從膠囊裡面鏟起來，一把抱住。
「別問這麼多了，我們再好好跟你說明。」
被抱起來的艾克賽爾終於有機會可以環視四周，他看到的是覺得熟悉卻又有點陌生的景象，熟悉的是研究室的環境和布局，明亮的燈光和各種器械，陌生的是每個設備和他被封印那時候的形式都不太一樣。
他又把頭轉向另一邊，看到艾莉亞、帕蕾特，便舉起手輕輕地向他們打了個招呼，而兩位領航員看到甦醒後的艾克賽爾狀況良好，也報以微笑的回應。
「傑洛，差不多讓他們把後面的程序走完吧。」艾克斯見傑洛抓著艾克賽爾一抱就是好幾秒，便提醒喚醒的程序仍然進行中。
「也沒這麼嚴重啦，艾克賽爾的狀況良好，看起來也沒有什麼不良的後遺症，接下來就等能量充填完畢、然後再做一次全面檢查，就不會有什麼問題了。」回話的是帕蕾特。
於是幾個人就待在研究室，一直到艾克賽爾的全部檢查程序完成，艾克斯和傑洛也順便向他說明了在他沉睡的期間，所發生的所有一切。
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「喔喔原來是這樣! 你們突然換盔甲很突兀耶，害我起來差點認不出來。」艾克賽爾恢復活動後，三個人走出研究室，艾克賽爾用「原來如此」的語氣總結艾克斯和傑洛說的「故事」。
「我們花了很多時間在探詢你的下落，以為你是不是真的被報廢拆毀了，想不到居然會在走私車隊裡面找到你。」傑洛接著說。
「那個…對不起…大家最辛苦的時候我都不在…也要謝謝你們救了我，被他們帶走又不知道會怎麼樣了」艾克賽爾對於這段時間以來發生的事情也有些愧疚，不過至少現在大家又能相聚
「基本上結果就是發展到現在這樣，我們現在全體組成一個常設的獵人部隊，承接一般政府單位沒辦法或不願意處理的特殊案件。」艾克斯回應。
「好吧! 艾克賽爾，我們都先去休息吧，明天開始還有好多工作。」傑洛見時間已經不早，也催促著大家。
「總之…歡迎回來，艾克賽爾…」最後傑洛輕輕地補充。
「我回來了!」艾克賽爾調皮地回應。
理論上機器人透過更換零件就可以無限期運作，但突然醒來之後是隔了上百年之後的嶄新世界，著實讓艾克賽爾震驚、思緒依舊很混亂，不過既然接下來還是跟著熟悉的人們一起過日子，他也就暫時將這些拋在後頭，有問題的事情等遇到了在來解決吧。
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艾克斯和傑洛在基地裡有個起居空間，雖然說雷普利並不需要真正的起居空間，但也因為他們的生活漸漸融入人類，所以模式也相去無幾。
這個休息室和一般人的房間沒兩樣，簡單的擺設了簡單的桌子、沙發椅和床，而所謂的床也真的只是一個可以躺著的地方，不是研究室裡用來保養雷普利的工作台。
一直以來這裡都是預備了供3個人使用的空間，可見艾克斯和傑洛有多麼希望艾克賽爾能夠歸隊。
安頓好艾克賽爾後，艾克斯去向席格納斯報告，傑洛獨自坐在起居室的沙發以上思考。
艾克賽爾擁有獨特的能力，可以運用其他雷普利的DNA資料，暫時性的改變自己的外觀，同時又具有強大的防毒能力，連一度侵擾世界的西格瑪病毒都可以抵擋，他身上的先進技術至今沒有辦法重製，他也因此成為各方覬覦的「對象」，每個不同的勢力都想要取得他。
不過艾克賽爾不是「物品」，而是活生生的機械生命體，具有自己的意識與思考能力，他很清楚自己該往哪裡去，而專責保護大家的獵人部隊正是他覺得最佳的歸宿。
不過，當前的情勢真的很詭異，首先是非正規機器人的再度出現，接下來是他們綁架艾克賽爾的舉動，還有運輸的大量武器裝備，這些都顯示似乎有什麼大事要發生。
而傑洛與艾克斯他們這麼多年來辛勤地尋找都沒有結果，艾克賽爾居然就輕易的被非正規軍團發現，傑洛完全的信任艾克賽爾，但他究竟是在哪裡被找到的、怎麼被找到的，則又是另一個需要調查的問題。
「嘿呀!!!! 傑洛，你還坐在那邊幹嘛?」艾克賽爾靠過來，粗魯的跳上沙發，一屁股重重的坐在傑洛旁邊。
「你這個冒失的傢伙，一醒來就跟小孩子一樣，我看還是封印回去好了!」思緒被打斷的傑洛不滿的抗議。
「嗯欸不要這樣啦，人家本來就是小孩子啊….」艾克賽爾頑皮的反駁。
的確，在幾個獵人裡面，艾克賽爾的外觀的確是最年輕的少年，而且他的聲線也是高八度的聲音，人總是會被自己的外觀欺騙，艾克賽爾也不例外，或許他自己也沒有察覺，即便歷經各種衝突、危機，實際上擁有豐富的社會歷練，他還是保有相當天真無邪的一面。
對於艾克斯和傑洛來說，艾克賽爾是至為重要的夥伴，雖然有時候會覺得這聒噪的刺蝟很煩。
「快去休息吧，明天還要幫你把身上的零件更新，結束之後還要帶你導覽一下這座設施，接下來就要開始作戰訓練了。」傑洛恢復不苟言笑的性格和表情，嚴肅的對艾克賽爾叮嚀。
「好啦…人家才剛回來耶…」艾克賽爾小聲抗議後，便回到自己的「床」上，自己進入了休眠。
傑洛則是繼續坐在那，沉思了好一陣子，才起身去休息。
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「大王! 對不起，我不應該這麼大意叫車隊走在明顯的大路上! 求您饒了我! 再給我一次機會、不要這樣嘎啊啊啊啊啊啊啊啊…..」
匡噹! 碰!
一個全身黑色裝甲的非正規機器人在陰暗的空間裡面不斷解釋求饒，但身體還是因為不明的磁浮力量，強制性的騰空飛起，然後全身迸發出強大的電流，思考迴路很快被燒毀，身體也解體，散亂成一團掉落在地上。
「失敗者是沒有解釋的機會的，尤其是把這麼重要的貨物給弄丟。」
在這個空間的中央位置，有個類似「王座」的椅子，上面坐著一個塊頭頗大的雷普利，他全身穿著淡紫色的裝甲，裝甲上還有許多銳利的設計，一看就知道是高階幹部階級。
在他的兩邊，站立著幾個不同的雷普利。
他們的身上都有一個同樣的章記，淡綠邊緣、紫色的底，上面印著一個清晰的「L」字樣。
「大王，通信已經接通!」一旁的其中一個非正規雷普利回報。
「所有人走開，我要單獨跟L大人談話。」
在場的每個非正規雷普利聽命，快速地離開這個陰暗狹小的房間。
「L大人，在下科瓦伊甚為愧疚，昨天晚上從坎普市運出來的重要貨物被非正規獵人發現了。」這個自稱科瓦伊的非正規雷普利恭敬的向上陳報。
「你可知道這這批貨物有多重要?」L大人以冷淡到讓人顫抖的聲音質詢。
「在下清楚，但是他們…」
「不要再解釋了，我只再給你一次機會，艾克賽爾是我的，把他帶回來，我要活的，不然…你知道會有什麼後果，自己看著辦。」
「是!是! 小的知道了!」科瓦伊一面道歉，一面看著面前還散落在地上的雷普利殘骸。
這個被稱為L大人的人沒多說就馬上切斷通訊。
留下用一隻手撐著臉，陰沉的思考的科瓦伊。
