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　　遊戲故事敘述在北美發現一種能改變宿主基因、使宿主變成凶暴怪物的寄生蟲“阿爾法蟲”。感染力比一般寄生蟲來得強，一旦感染範圍擴大，甚至必須將整個地區消滅。為了避免造成無謂的恐慌，因此聯合國選擇隱瞞感染的事實真相，並封鎖相關情報。
　　但是，2015 年 8 月 12 日在東京確認了新的感染案例，且感染規模爆發性的擴大，因此聯合國決定對東京展開攻擊。在東京即將毀滅之際，只有一個人能扭轉局勢...
　　遊戲中玩家將扮演隸屬於聯合國國際災難處理機構 GUIDE 的日裔美國人忍者小川健。體內流有特異之血，是唯一能抵抗阿爾法蟲肆虐的人類。由忍者一族首領的父親小川堪兵衛撫養長大，自幼因特異之血而離群索居獨自修行，對自己的身手相當有自信。
　　遊戲中健將施展各種超人般的忍者動作，包括飛簷走壁、從大樓外牆垂直落下等。配備多樣化的武器，包括速度與威力都相當均衡的「斷鬼之太刀」，威力強大能破壞裝甲或盾牌的「破岩之大劍」，連接鋼索能高速斬擊與遠距離攻擊的「飛燕之雙劍」等。