實驗是本書中主要的主題。在查理的智力抵達巔峰時，查理抱怨進行實驗的史特勞斯博士和尼姆博士不再是他曾經認為的智者。若考慮到教授們在自身領域及語言中所為的廣泛閱讀知識累積，查理對教授們西方語言以外，其餘外語知識程度不足的抱怨顯然帶有些傲慢，這種抱怨無疑是不合理的。
然而，查理對醫生的許多觀察可以解讀為對醫學體制的微妙批評：故事中的幾個地方，醫生們爭吵不休，這些爭論揭示出他們往往更感興趣的是藉由這場實驗的成果達成自我地位及成就的提升，而非查理的發展。特別是整個生涯事業均由其妻子扶持而被嘲笑的尼姆博士一角。若這些醫生們在某種程度上正在利用查理遂行自己的目的，那麼他和阿爾吉儂的實驗成果就變得更加重要。
在故事中，查理背地中均數次與阿爾吉儂進行比較也認為彼此有所相似，更因為醫生們利用他來推動他們自身事業的發展，而感覺自己也不過是如同阿爾吉儂般的實驗動物罷。小說通過查理和尼姆博士之間的爭吵更明確地表達了這一主題。尼姆博士曾表示道，查理在某種程度上是「他的」一種新的創造，是通過實驗所創造出的人格。但查理顯然不這麼認為：「我不知道為什麼自己如此厭惡他們把我當作他們私人寶庫中剛製造出來的東西，但我十分確定，我從我們抵達芝加哥起，這念頭就一直在我胸中迴盪。我很想站起來讓大家看清他有多愚蠢，並對他高喊：我是人類，一個有父母、記憶和過往歷史的人，在你們把我推進手術室前，我就已經存在。 」
在故事結尾時，查理作為實驗對象並成為天才的身份及內心思想衝突成為了焦點。小說中的轉折點都發生在一家餐廳：一位智障的年輕人打破了一個盤子，除了其他顧客之外，連曾經是智障的查理都不經意地笑了起來。這一刻讓查理意識到：他在轉變成為天才的過程中，自己也早已深深地與其他人、甚至是過往的自己產生了隔閡。
儘管他獲得了許多知識，但他也失去了過去曾擁有過的人際關係。因此，與這位智障年輕人的聯繫作為契機，激發了查理追求研究的動力，以改善所有智障者的生活。他的研究與史特勞斯博士和尼爾博士的研究形成對比：因為它僅僅是為了改善其他人的生活，而非自我成就的提升。此外，查理也欣然接受了令人沮喪的結論——即由於迅速退化成為智障，對他進行的智商改造實驗將沒有實際價值——並要求博士們公開發表結果。因此，查理的研究可以被解讀為對醫學實驗的評論，呼籲對於這些醫學實驗所涉及的被試者——特別是那些能力有限的人——作為實驗個體時應該有所考量。
《獻給阿爾吉儂的花束》撇除作為科幻作品之外，還可以被歸類為殘疾文學，因為它深入探討了有關殘疾人士在當代美國社會中的地位這一基本問題。查理對其他智障人士曾有過代表性的描述：他談到了，那些人們帶有空洞的微笑和空洞的眼睛，對於嘲笑也無法正確認知。這種想法與小說中尼爾博士的主張非常相似，即在實驗之前，查理並未一位真正存在的個人。殘疾至今為止仍然是一個重要的公共政策問題，想必這也是為何本書得以如此持久暢銷的緣故。
いつかとても追いつけない人に出会うのだろうか
いつかとても越えられない壁に竦むのだろうか
いつか貴方もそれを諦めてしまうのだろうか
ゆっくりと変わっていく
ゆっくりと変わっていく
ゆっくりと変わっていく
▏總有一天，能夠和無法觸及的人相遇嗎？
▏總有一天，會因無法跨越的高牆退縮嗎？
▏總有一天，你也會放棄得來的那一切嗎？
▏漸漸地改變
▏你漸漸地改變
▏我們漸漸地改變
這段究竟該如何解讀？個人的相法如下：
一、無法觸及的人：
此處應是指查理在手術前，因為智商差異問題，而無法正確理解他人想法、和他人相處。透過手術後，第一次理解的他人的惡意，也與所愛之人相遇。但是也因為智商的成長，更加劇了查理與他人之間的隔閡。
二、無法跨越的高牆：
無法跨越的高牆，在我的理解上，應該是指故事中，查理逐漸意識到自己與阿爾吉儂，正因未曾預料道的手術副作用，開始產生了智商及情緒退化問題。
那麼難道就因此退縮、萎靡不振嗎？顯然故事中的查理並沒有這麼想，他並不選擇退縮靜待結局到來，而是正因知悉了結局，而決斷並以所及之力幫助他人、更加完善這場實驗的理論，哪怕實驗最後僅是一場徒勞，仍然製造出這場實驗的最大價值。
三、放棄得來的一切：
查理與阿爾吉儂究竟得到，又放棄了什麼？呼應故事，想必是獲得又失去的智力發展。
四、漸漸改變：
本段最後的三句話，原文都是同樣的「ゆっくりと変わっていく（漸漸地改變）」。但在翻譯上，個人在後二句採取意譯，於個人解讀下增加了不同主詞。
本處之所以會增加主詞「你」及「我們」，便是為了呼應故事中的阿爾吉儂和查理。他們意識到自己的結局、理解自己將邁入改變、退化的過程。
創作內容
【翻譯】幻燈 - ヨルシカ - アルジャーノン
雜 (1)
