冷戰初期,間諜衛星照相技術未成熟,低空偵照在風險上過高。於是美國中央情報局和已遷台的中華民國政府合作高空戰略偵察中國大陸,1958年12月取得合作共識,合作代號《快刀計畫》,美國提供U-2偵察機和技術支援,中華民國提供飛行員和後勤基地,並重新啟用「空軍第35偵察中隊」番號,部隊別名「黑貓中隊」。
1959年3月,中華民國首批6位飛行員抵達美國Laughlin空軍基地開始U-2A偵察機駕駛訓練,訓練期間因操作失誤損失1架U-2A,1959年9月,首批完訓5名飛行員返國待命。
1960年5月1日,美國中情局1架U-2偵察機執行蘇聯領空偵察任務時遭擊落,飛行員弗朗西斯·加里·鮑爾斯跳傘被俘,被處以10年徒刑而震驚全世界,「美、蘇高峰會議」被迫取消,美國迫於國際壓力,撤離部署在西德、土耳其及日本的三個U-2偵察機特遣隊,時任美國總統艾森豪公開保證不會再對蘇聯及東歐國家執行高空戰略偵察。
1960年6月,美國中情局再度密訪中華民國空軍公館基地及桃園基地;1960年7月,中華民國空軍首批U-2A偵察機完訓5名飛行員再度赴美接受U-2C偵察機換裝訓練。
1960年10月19日,雙方在台北市美國中情局駐台情報站—美國海軍輔助通訊中心決議使用空軍桃園基地、後勤支援事項及具體偵察行動執行與成果分享事宜。
1960年12月,美國中情局獲得國務院及海關核准的U-2偵察機出口許可證以求自保。
黑貓中隊有一項特殊的規定,就是上校中隊長不輪值作戰任務。原因是中隊長參與全盤機密作業,萬一被擊落俘虜,恐遭刑求而洩密,這是政策也是命令。
1961年1月13日首架深藍色的U-2C偵察機及美國中情局G特遣隊與H特遣隊進駐空軍桃園基地,G特遣隊由中情局美籍飛行員執行東南亞地區戰略偵察任務,H特遣隊則由中華民國空軍黑貓中隊飛行員執行中國大陸戰略偵察任務。
1961年2月1日中華民國空軍成立「氣象偵察隊」,直屬空軍總部情報署,由美國中情局提供洛克希德U-2偵察機,專責執行對中國大陸偵照任務,重啟「空軍第35中隊」番號,俗稱「黑貓中隊」,駐地為空軍桃園基地。1966年改為「空軍氣象偵察研究組」。
1962年1月13日,黑貓中隊陳懷少校成功駕駛U-2C偵察機執行首次中國大陸內陸戰略偵察任務。
自1962年到1965年期間,黑貓中隊共深入中國大陸內陸戰略偵察三十餘架次。自1966年後深入中國大陸內陸戰略偵察任務減少,改以中國大陸沿海15浬外斜照相戰略偵察任務為主。
1972年2月21日,時任美國總統尼克森訪問北京,承諾停止在中國大陸的偵察任務;1974年4月1日美國駐台北大使馬康衛告知時任中華民國行政院長蔣經國,美國政府將不再延續《快刀計畫》,同時將陸續撤離空軍清泉崗基地的兩支配備F-4C中隊及空軍台南機場內搭載核彈頭的美軍MGM-1飛彈屠牛士地對地巡弋飛彈。
雙方於1974年6月達成共識,1974年7月29日美國中情局H特遣隊美籍飛行員將空軍桃園基地兩架黑色的U-2R偵察機飛回美國愛德華空軍基地,美國空軍C-130運輸機開始執行二十餘架次運輸任務撤離在台裝備,1974年10月1日美國中情局G特遣隊及H特遣隊撤離完畢並歸還空軍桃園基地機棚及廠房等設施;中華民國空軍總司令部於1974年11月1日裁編「空軍氣象偵察研究組」,黑貓中隊戰略偵察任務正式結束。
從1962年到1974年之間,黑貓中隊28位飛行員共執行220次高空戰略偵察任務,10位殉職,2位被俘,只有16位功成身退,在訓練任務及中國大陸偵察任務期間共損失16架U-2偵察機。
黑貓中隊在十三年的戰略偵察任務期間,完成偵察中華人民共和國第一次和第二次核試爆,和偵照中國大陸青海、新疆、華北、西北、東北、東南各省及中越邊界的重要軍事設施,任務涵蓋面積一千餘萬平方公里,遍及中國大陸三十餘省。
1977年6月16日中華民國空軍總司令部於空軍清泉崗基地第427聯隊恢復成立「第35作戰中隊」,配備武裝的T-33A教練機,全隊分成三個夜攻分隊和一個反電子分隊。
1983年8月1日「第35作戰中隊」奉令改為「第35作戰隊」,1989年9月換裝20架中華民國自製的AT-3攻擊機,1992年7月1日因任務需要,「第35作戰隊」奉令改隸空軍新竹基地第499聯隊,1995年10月17日移駐空軍官校,1999年2月1日「第35作戰隊」再次裁編,裁編後所屬AT-3攻擊機均由漢翔航空工業改裝為AT-3高級教練機規格,並移編空軍官校飛指部戰鬥組執行高級教練機任務迄今。