癌症篩檢的爭議在於檢驗是否的確能夠延長生命,由於癌症的治療方法多半具有侵入性及對身體造成很大負擔,因為早期發現而進行治療反而不一定比完全不治療好。例如,在進行前列腺癌篩檢時,攝護腺抗原血液檢驗可偵測到極微小的腫瘤,但是或許終其一生,這樣的腫瘤並不會成為危及生命的問題。只是一旦經篩檢發現,一般都會進行進一步的檢驗及診療。因此就有可能發生
過度診斷(
英語:
overdiagnosis)的問題,而將病患放入不必要的併發症的風險中,如手術或放射治療的副作用與感染。用於確定診斷前列腺癌所做的前列腺組織切片可能引起的副作用,包括出血和感染。前列腺癌的治療則可能導致
尿失禁(
英語:
incontinence)、
勃起功能障礙。同樣地,對於乳癌的篩檢上,近來也有批評認為在一些國家所進行的乳房篩檢計畫所引起問題遠超過所解決的。因為在一般婦女身上做篩檢,產生許多因為陽性或假陽性結果而需要做更精確檢驗的婦女,造成醫療資源的大量浪費,也帶給假陽性者的沉重心理負擔。而這樣大規模的檢驗,最後往往只是找出幾個早期乳癌患者,所耗費的社會成本是值得討論的。