出處是宇宙人
電影的第一幕，是2014年的回憶場景
艾瑪博士和她的丈夫馬克
兩夫妻在2014年的舊金山大戰（詳見2014版哥吉拉）尋找他們失踪的兒子，此時哥吉拉在遠處現身。
時光流逝到五年之後，夫妻倆因為兒子的失踪以及理念不合分居了。
艾瑪博士作為帝王組織的科學家和她的女兒小11在中國雲南的一個寺廟調查一個巨大的卵。
這個脈動的卵很快孵化出了魔斯拉幼蟲，幼蟲剛出生時狂躁不安，到處破壞，並用它的吐絲能力把幾個士兵沾在了牆上。
艾瑪博士決定使用她和丈夫發明的“ORCA”聲吶裝置，發射一種泰坦才能響應的頻率來安撫魔斯拉，魔斯拉接受到頻率後變的溫順。
此時，恐怖分子的噴射機突然開始襲擊，並且攻擊神廟。
魔斯拉在混亂中逃跑，躲進了一個瀑布。 恐怖分子“綁架”了艾瑪博士母子。
芹澤博士（渡邊謙）和他的助手薇薇安博士（莎莉霍金斯）在參議院聽證會上被質詢，得知了艾瑪博士被綁架的事情之後，軍方討論是否要因為恐怖襲擊 事件接管帝王組織的軍事行動。
帝王組織通知了馬克（凱爾.錢德勒），告訴了他妻子被抓以及ORCA被搶走這件事，因為兒子的死，馬克認為泰坦巨獸會給人類帶來災難，並且他認為這些生物都應該徹底消滅。
帝王在全世界都成立了很多前哨站 他們把馬克帶到了帝王組織的基地。
基地展示了帝王組織這些年的研究成果，有許多尖端的科技以及2014年被哥斯拉擊敗的雌性地震蟲（MUTO)屍體的完整樣本。
這個站點是用來專門追踪哥吉拉的。 從五年前它離開舊金山之後，帝王就一直在追踪它。
突然，帝王組織偵測到哥吉拉接近了基地，打開了防禦武裝準備迎擊哥吉拉，
但馬克告訴芹澤博士我們最好不要這樣做，否則哥吉拉可能會殺了在場的所有人，
基地的武裝關閉後，哥吉拉確認了帝王組織沒有敵意，轉頭往南極方向進方。
帝王組織很快發現了恐怖份子的目的地也是南極，他們打算去南極釋放一個叫做“零號怪獸”的泰坦生物，恐怖份子的首領名叫喬納.艾倫（查爾斯丹斯），他對人類 抱有極端的仇恨，並且對泰坦生物的dna、遺骸抱有極高的興趣。 （怪獸宇宙編年史曾經提到他在2005年試圖偷竊地震蟲的孢子）
到達南極之後，G小隊（帝王組織的軍事機構）突入，但是卻遭到了恐怖份子的襲擊。
馬克也進入了封印基多拉的研究設施，希望救出他的妻女，艾瑪博士卻炸開了封印零號怪獸的冰層。 喬納艾倫和艾瑪博士母女登上了直升機，飛到了安全距離。
然後他們激活了Orca，喚醒了零號怪獸，零號怪獸開始破壞和殺戮，直到哥吉拉從冰層裡現身出現和它戰鬥。
這是一場異常激烈的戰鬥，但零號怪獸逐漸取得了優勢，它閃開了哥吉拉的放射熱線，使用引力光線把哥吉拉打入了冰川的裂縫中，在這場混戰中， 薇薇安博士遭到了零號怪獸的襲擊，犧牲（被基多拉左邊的頭吞掉，基多拉三個頭具有不同的性格，左邊的頭似乎擁有極為邪惡的特質以及惡趣味，它還曾經 用舌頭去舔幾個士兵的死屍）
出現了一場奇怪的巨型風暴之後，零號怪獸消失了。
帝王組織疑惑艾瑪博士的行為，艾瑪博士則直接聯繫了他們，解釋了自己其實一直在為恐怖分子工作（或者說她才是計劃的真正主謀），
她認為地球正在面臨一場前所未有的浩劫 ，會造成不可挽回的生物大滅絕，經過她的研究發現，
泰坦巨獸擁有修正被人類破壞的環境的力量，所以需要喚醒所有的泰坦巨獸才能保證生命的延續。
帝王組織很快意識到恐怖份子的下一個目標是去墨西哥喚醒火之泰坦——拉頓。
喬納艾倫和艾瑪博士用Orca和炸藥喚醒拉頓，拉頓開始了破壞和屠殺，墨西哥的小鎮幾乎被拉頓引發的暴風摧毀殆盡，
帝王組織的大型超科技飛行器“阿爾戈號 ”（類似於空中航空母艦的黑科技）派出了戰鬥機對付拉頓，與拉頓展開空戰，但是卻完全不敵，幾乎全滅。
墨西哥出現了巨大的風暴和雷電，帝王組織才意識到，並非是零號怪獸消失在了風暴之中，而是它本身就是這場風暴。
拉頓追擊阿爾戈號，阿爾戈號試圖誘導拉頓去和零號怪獸戰鬥。
兩隻怪獸碰面，拉頓被強大的零號怪獸瞬間秒殺（大概花了幾十秒吧）
墜入海中。
零號怪獸隨後把注意力集中到阿爾戈號上，它一直追殺到了海面上，眼看阿爾戈號馬上就要被追上。
這時
哥吉拉突然從海中躍起，把零號怪獸拖進海裡進行死戰。
海中是哥吉拉的主場，而零號怪獸在海中卻非常的不靈活，所以這場戰鬥哥吉拉佔據了優勢。
此時，將軍（在2014版哥吉拉里出場過）和帝王組織聯絡，他說事情已經失控了，軍方已經發明出了一種新的實驗型反泰坦武器叫做“氧氣毀滅者”，可以 消滅任何生命。
芹澤博士懇求他不要使用武器，並說：“人類必須相信哥吉拉”（就像第一部電影那樣）
但是這個提案毫無疑問被否決了。
哥吉拉雖靠自己驚人的毅力和蠻力咬斷了零號怪獸左邊的頭。
就在這時，軍方朝兩個怪獸使用了氧氣毀滅者，哥吉拉承受攻擊之後似乎死亡，沉入大海，成千上萬的死魚漂浮到水面上。
但是過去一會，零號怪獸卻安然無恙的從水中躍起。
它站在火山頂上，然後完全“再生”了它斷掉的頭部（大概也是好萊塢第一次展現具有超再生能力的巨大怪獸）
此時剛剛被秒殺的拉頓飛了過來，站在了火山底下， 向零號怪獸鞠躬表示臣服。
之後零號怪獸的三個頭髮出了尖銳的咆哮，喚醒了全世界還在沉睡中的泰坦。
大概有四個泰坦有畫面鏡頭的展示（部分是監控設施裡看到）
一個類似於猛獁象的巨獸，一個類似於蜘蛛的長著克蘇魯頭的怪獸，
一個頭上長著尖角的巨型山石巨獸，
一個新的地震蟲（看上去比2014版的地震蟲muto更加古老）
喬納艾倫：long live the king。
帝王組織驚訝於基多拉的生命力和再生能力，認為這不可能是地球上任何生物應該具有的。
從神學家陳博士（章子怡）對古代文獻的解讀中得知，王者基多拉（原零號怪獸）來自於星辰，是一個從天而來的惡魔，並且它是一個“偽王”，替代 了哥吉拉這個真正的怪獸之王。
因為哥吉拉死了，沒有任何怪獸可以阻止基多拉，以基多拉和拉頓為首的泰坦在全世界到處破壞，摧毀城市。
人類對強大的基多拉束手無策，基多拉甚至把華盛頓當成了它的棲息地。
沉睡的魔斯拉終於甦醒，變成了成蟲。 並且使用了它的神光。 通過神光的信號告訴了帝王組織的成員，哥吉拉還活著，但已經快死了。
帝王組織的成員也從古代文獻中發現，哥吉拉和魔斯拉在古代經常有規律的聯合在一起，他們彼此之間有非常特殊的聯繫。 魔斯拉是怪獸女王，和哥吉拉擁有幾乎是共生關係的情感。
馬克從一開始的認為泰坦巨獸都應該被消滅，轉變成了開始相信哥吉拉。 他加入了帝王組織的行動。
帝王組織試圖想辦法讓哥吉拉甦醒過來。 他們發現哥吉拉棲息在一個海底的古代城市，靠海底的輻射苟活著，古代城市的遺址表明哥吉拉是古代人所信仰的神明，和古代的人類具有很深的聯繫。
為了救活哥吉拉，必須要給它輸送大量的輻射，也就是發射核彈，但由於技術上的原因，核彈在這個位置必須手動引爆。
芹澤博士自願當了志願者，因為他和哥吉拉的特殊淵源。 芹澤博士運載了核彈，到達了遺跡中央，走上了古老的台階，把核彈放在了哥吉拉的面前，和瀕死的哥斯拉對視。
他開啟了定時器，把手放在了哥吉拉的鼻子上，深吸了一口氣，用日語說了一句：“永別了 我的老朋友”，
然後核彈爆炸了。
哥吉拉從水里出來，它恢復了生命力，變的更加強大，要比以往任何時候都強，並渴望和基多拉再次進行一場戰鬥，它朝天空噴射了射線。
艾瑪博士發現基多拉即將摧毀地球，他摧毀生態的程度甚至比人類做的更糟糕，但是喬納艾倫並不在乎，這就是他想要的結果，他認為人類應該償還自己的罪孽了。 小11徹底意識到恐怖份子和她母親的理念是錯誤的。
她偷走了Orca，並且安撫了全世界因為基多拉而狂暴的泰坦，基多拉也感知到Orca的信號，決定去波士頓毀滅他。
另一邊，馬克認為，這次不光要“讓它們打”，人類也應該幫助哥斯拉一起戰鬥。
小11藏在波士頓的球場，但是被基多拉找到，在即將被基多拉殺死時，哥吉拉和人類的軍隊出現，哥吉拉用熱線攻擊基多拉，
幫小11解圍。
最終的大戰開始，哥斯拉和基多拉展開大戰，魔斯拉也在中途加入，魔斯拉使用吐絲的能力黏住了基多拉的一個頭，但此時敗犬拉頓也出現，攔截 了魔斯拉，於是形成了2v2的混戰。
怪獸戰鬥時引發了驚天動地的災難，小11逃難逃回了波士頓的家。
馬克和艾瑪博士都擔心自己的女兒安危，前去解救小11。
拉頓和魔斯拉的戰鬥非常激烈，拉頓擁有更大的體型更強的力量，它重創了魔斯拉，但魔斯拉找准機會使用了它隱藏在尾巴上的毒針擊敗了拉頓。
因為吸收了芹澤博士的核彈，哥吉拉達到了前所未有的全盛狀態（帝王組織甚至推測它的能量過剩甚至可能會引發大爆炸，所以也準備撤離）
但即使如此，哥吉拉依然無法擊敗基多拉，基多拉吸收了整個城市的電力，使用了內閣總辭（？）引力光線重創了哥吉拉，
之後把哥吉拉纏住帶到了上萬米的高空 砸下，哥斯拉吃了這招之後幾乎瀕臨死亡。
魔斯拉前來幫助哥吉拉，趴在瀕死的哥吉拉身上，基多拉準備徹底把哥吉拉殺死，但魔斯拉用身體抵擋了基多拉的引力光線，保護了哥吉拉的生命，
自己風化落在哥吉拉身上，哥吉拉開始吸收魔斯拉的能量開始紅蓮化（致敬93）
基多拉也意識到情況不對，跑過來咬住了哥吉拉開始吸收哥吉拉的紅蓮能量（致敬吃星怪基多拉吸收熱能）
準備把哥吉拉和魔斯拉的生命徹底吸乾，
此時艾瑪博士利用Orca的聲吶信號干擾了基多拉，讓基多拉煩躁不堪，基多拉離開了哥吉拉去追擊開車的艾瑪博士，用引力光線把艾瑪博士的車炸翻，在 死前，艾瑪博士：long live the king
艾瑪博士的犧牲是值得的，這給了哥吉拉恢復的時間，他吸收了魔斯拉的能量成功的變成了紅蓮形態。
它使用一種新的能力紅蓮大爆炸（爆炸的能量是魔斯拉翅膀的形狀）來攻擊基多拉，巨大的爆炸幾乎摧毀了大半個波士頓，也將基多拉直接氣化。
大爆炸之後，到處都是廢墟和瓦礫，
此時基多拉從煙霧裡露出了一個頭，但實際上基多拉只剩下了這個頭了
哥吉拉咬住了這個頭並且使用放射熱線將其氣化，最後把整個頭慢慢的吞掉，徹底的打倒了基多拉。
大戰結束，其他泰坦巨獸陸續來到了波士頓，敗犬拉頓也還活著，它認可了哥吉拉是新的怪獸之王，帶頭向哥吉拉鞠躬，哥吉拉在發出一聲震耳欲聾的咆哮之後，電影結束。
電影的結尾是一系列的新聞、偽紀錄片剪輯，內容有很多，例如有其他的泰坦闖入了骷髏島，全球生態環境恢復（印證了艾瑪博士的理論是正確的）等等。
片尾也能看到金剛和哥吉拉打鬥的壁畫。
片尾彩蛋：喬納艾倫找到了墨西哥的漁民，漁民們說當地的魚都死光了（因為氧氣毀滅者）
但是他們撈起來了一個特殊的東西—基多拉在墨西哥被哥吉拉咬斷的頭部....而且那頭部依然還活著
創作內容
哥吉拉2 怪獸之王完整劇透（爆雷）
哥吉拉系列 (57)
