‧系統面的創新: 首次可以在螢幕上方『道具回收線』以外的地方,以不放 Spell Card 的方式自動吸收道具,且獲得點道具時保持得分最大值(櫻花結界) 首次以『點道具取得數』作為殘機增加與否的判斷條件 首次玩家 POWER 為最大時,火力提升道具會被替換成其他道具 首次顯示 MISS 判定點的一作(低速移動下) 首次於畫面下端顯示中 BOSS、BOSS 對應點 首次玩家可以在遊戲中切換攻擊模式,並且切換符卡攻擊模式(高速低速切換) 首次可以提升『點道具獲得最高分』(櫻點作為判定) 首次顯示符卡取得狀態(BOSS 戰中右上角的符卡加分與取得次數顯示) 首次玩家可以依靠條件增加 BOSS 戰 Spell Card 取得分數 首次可以以 EASY 等級通關直接開啟 EXTRA 等級,並可由特定條件開啟 PHANTASM 等級
‧劇情方面的創新 首次在四面 BOSS 戰中會根據選擇自機角色不同而與不同的 BOSS 對戰 首次在結局時會依照選擇角色的配備不同,而有不同的結局 首次可以在 EASY 等級通關後獲得 GOOD END 首次在六面出現時效 Spell Card (玩家無法攻擊 Boss,只能撐到時間到以獲得獎勵)
◎東方永夜抄
。獨特的系統:人妖系統、刻符與 Last Spell 系統、遊戲中選擇六面路線的系統、Spell Card 挑戰系統
‧回復: 道具收集方式改回必須由自機移動至畫面上方收集
‧系統面的創新: 首次在遊戲中出現『使魔』系統 首次玩家可以在 POWER 未滿的狀況下,不靠發動 Spell Card 收集全螢幕上的所有道具 首次有『即使沒有接關的情況下,遊戲仍然提早結束』的可能性 首次自機擁有 Last Spell 攻擊方式(中彈時發動 Spell Card,花費兩枚造成更大的傷害)
‧劇情方面的創新: 首次遊戲中全登場人物皆有立繪與 Spell Card 首次加入 Normal End
新系統
◎東方風神錄
。獨特的系統:信仰點系統、無擦彈計數系統(仍然保留特效)
‧回復: 改回以分數高低作為是否增加殘機數量的依據 無法藉由擦彈等特定條件增加 Spell Card 獎勵的上限 必需以 NORMAL 等級通關後才會獲得 GOOD END
‧系統面的創新: 首次玩家無法調整,遊戲起始時的殘機數量 首次玩家在低速移動時,可以吸取自機附近的道具 首次導入靈擊系統,可以藉由補充 POWER 來不斷的施展靈擊 玩家的 POWER 最大值由 128 變為 5 首次玩家可以在撥放紀錄檔時隨意快轉 首次玩家可以在殘機全數用盡時,於該關卡開始處接關 首次出現驚世駭俗超級大 BUG (看那精美的黑白貫通裝備)
‧劇情方面的創新: 首次四面 BOSS 不會依據玩家所選擇的角色一起變換攻擊模式 首次在四面依照選擇難易度決定出現時效 Spell Card 與否(詳見前述 妖妖夢 之部份) 首次六面中 BOSS 不是由主要角色擔任 首次六面 BOSS 的 Final Spell Card 階段時,靈擊範圍縮小 首次 Extra 面時,BOSS 戰中全程靈擊的範圍縮小
◎東方地靈殿
。獨特的系統:通訊系統
‧回復: 裝回擦彈記數系統,並且作為通訊系統的主要運作方式 『道具獲得最高分』不再隨著時間而逐漸減少,在自機中彈後變回預設值 首次玩家在高速移動的時候,會吸取自機附近的道具 四面 BOSS 的攻擊模式會依照玩家所選角色不同而有變化 改回可以在 EASY 等級通關後獲得 GOOD END
‧劇情方面的創新 首次選取同樣角色,但選取不同裝備時會有不同對話與結局 首次與前一作(風神錄)有強烈劇情關聯 首次由前一作(風神錄)人物擔任 EXTRA 中 BOSS (早苗) 首次同一名 BOSS 角色連續出場三面(お燐) 首次六面 BOSS 的 Final Spell Card 階段時,靈擊依舊能夠造成傷害