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補師篇
應拉扎罕星戰士團本營的「阿拉米格駐外武官」的請求，主角前往阿拉米格人居住區，從勞班處聽取阿拉米格解放軍目前面對的狀況—偽神獸出現在阿拉米格人居住區，傷亡雖以控制在最小限度，偽神獸卻已逃出城外，行蹤不明。
除此之外，也有許多其他的髑髏連隊遺族由於自責之念相繼野獸化，擁有超越之力的目擊者阿雷恩瓦爾德說，一名髑髏連隊士兵的父親，不惜背負賣國奴的罵名，服從帝國確保兒子平安長大，那名兒子卻為了讓父親過上好日子而加入髑髏連隊，手染同胞鮮血最後還喪失了性命。由於喪子之痛、再加上罪惡感的折磨，讓那名髑髏連隊遺族深陷絕望。阿拉加納的村長拉加恩弗里德成立的「白羽會」，致力於針對髑髏連隊遺族們的照顧與對話，試圖緩解這個事態，但仍然無法徹底阻止。
之後，勞班接到搜尋失蹤人口的請求，因此派出新的志願者—「原髑髏處刑人」芙朵拉與主角同行。兩人找到失蹤的遺族，但那三人卻以不幸成為野獸。完成討伐任務回到阿拉加納，但一位在阿拉加納工作的髑髏連隊遺族青年見到芙朵拉時，想起了心中的創傷，當場野獸化並襲擊附近的小女孩。芙朵拉不惜負傷，在千鈞一髮之際拯救了小女孩的性命，卻被女孩的母親用排外的態度對待。主角追上獨自前往村外的芙朵拉，她的情緒相當不安定，還差點野獸化。主角治癒了她的傷口並在身邊替她分憂解勞，才互相道別。
之後勞班有鑑於髑髏連隊遺族，也有居住在烏爾達哈附近難民營，因此前去晉見娜娜莫女王陛下以商討合作事宜。在商店街後巷找回微服出巡傾聽民意的「莉莉拉大小姐」後，娜娜莫表示她會平等對待難民營的所有阿拉米格人民，並不斷與人民進行對話，聽取各式各樣的人心中的想法。阿雷恩瓦爾德在與娜娜莫談話當中得到了靈感，決定執行「慰靈祭」，讓所有阿拉米格人民能夠有一個不分立場，平等悼念死去的家人的機會，以此來對抗蔓延中的絕望。
主角前去協助致力於準備慰靈祭各項事宜的阿雷恩瓦爾德，他希望主角能幫忙分發說明會的邀請函給基拉巴尼亞邊區的貓魅族梅‧拉茲‧努恩、及阿難陀族薩利夏兩位代表。剛開始兩位代表都打算拒絕，但讀過了阿雷恩瓦爾德寫在邀請函中的舉辦宗旨，及髑髏連隊遺族的真人真事後，兩位都改變了心意，決定參加慰靈祭與說明會，並對阿雷恩瓦爾德表示感謝。
主角參與完說明會，回到阿拉米格人居住區後，卻聽到芙朵拉與那時的母女會面後，就此失蹤的消息。原來那位小女孩在阿拉米格人居住區目擊了某位青年墮落成偽神獸的過程，而芙朵拉透過「過去視」看見那位青年，正是自己的青梅竹馬查雷特，因此隻身離開，打算與偽神獸做一了斷。
芙朵拉透過勞班派出搜索她的梅‧娜格與主角聯繫，說已經尋找到偽神獸，成為偽神獸前的他曾經是一個溫柔的人，無論如何都不想讓他殺人。主角與勞班在傷亡發生前及時趕到，主角看見了查雷特的過去，他無法原諒自己沒有與哥哥和其他朋友一起志願從軍，覺得沒有犧牲就獲得了自由的自己是個卑鄙小人。勞班、芙朵拉與主角分工合作，成功與他做了一個了斷，也擊退了阿拉米格的威脅。
回到阿拉米格人居住區，勞班稱讚主角是一個「甚至能夠治癒內心絕望的，最了不起的治癒者」，另外由於芙朵拉為了國家英勇戰鬥，勞班也決定替她說情，幫她取下拘束她性命的魔器。從此，阿拉米格正要邁向全新的開始，建築一個不會再有絕望的國家。
獲得成就「祛除《罪惡之絕望》者」
近戰篇
應拉扎罕星戰士團本營「利姆薩‧羅敏薩駐外武官」的請求，主角前往黑渦團本營會見梅爾維布提督，據報在西拉諾西亞骷髏谷出現疑似偽神獸的存在，目前潛伏在大海，尚未掌握行蹤。由於該處是魚人族的領地，提督決定在南防波壁與親近人類的「融和派」魚人族商討對策，卻發現牠們準備前往會談地點時遭到末日野獸襲擊。原來那些野獸是由擔心失去領土，主張重新召喚水神利維坦與人類一戰的「海嘯派」魚人族們變成的。主角與提督向「海嘯派」祭司多烏提出共同對抗末日野獸的請求，但牠卻並不認為獸化是一種威脅，反倒以為那是水神為對抗人類，賜給牠們的祝福之力。
談判以失敗告終，「海嘯派」劫持利姆薩‧羅敏薩商船，並搶奪船上載運的水晶，開始進行召喚水神的準備。提督為尋求對抗水神的戰力，重新將已解散的「海雄旅團」團員們：擅長適才任用的魯家丁副團長維斯凱特、擁有野性直覺的精靈族熱血漢朗德內爾、冷靜沉著的貓魅族大家長烏‧歐德、難以捉摸並擅長使用道具的哥布靈布雷福洛克斯、還有擅長諜報工作的盲眼拉拉菲爾族夏馬尼‧羅馬尼召回，並要求主角擔任「代理團長」，按照團員們的性格，分派給他們「搜索偽神獸」與「阻止水神的再召喚」兩項工作。
海雄旅團再度組成不久，接到了「海嘯派」魚人族襲擊拉諾西亞低地守炬埠頭的報告。主角明確的指示，讓搶先前往該地的海雄旅團成員精彩活躍，不等主角與提督隨後趕到，就已迅速鎮壓完畢。之後一行人搭船前往「海嘯派」祭司多烏所在的一座無人島，與偽神獸接觸時，主角的「超越之力」發動並看見它的過去—原來它曾經是魚人族的女王「蒼茫之母」，牠遭「海嘯派」祭司多烏煽動，擔心「融和派」魚人族捨棄蠻神並親近人類，會遭到人類背叛，導致產卵地的消失與種族的滅亡，因此絕望墮落為偽神獸。它使出一個以太塊爆裂的招式，奪走了所有人的力量，就在第二次招式即將發動眼看就要全滅的時候，一顆神秘的子彈破解了招式，讓一行人趁機撤退重整旗鼓。
海雄旅團為了棘手的招式苦思對策，維斯凱特建議主角呼叫有著超群眼力的原海雄旅團最強男人回來。主角在指定地點吹響三指笛後，那名射出神秘子彈，名叫洛倫斯的男人果真現身了。他答應協助海雄旅團，並對主角講述了梅爾維布當年給予不幸成為水神信徒的父親「死亡制裁」時，他在旁見證的經過。
破解招式方面有了洛倫斯協助，而同樣原屬於海雄旅團的里奧爾則掌握了偽神獸的去向，並且由「融和派」魚人族協助將偽神獸追趕入沙斯塔夏溶洞。「海嘯派」魚人族們親眼看見偽神獸殺死了祭司多烏，至此才相信世界末日的野獸並不是什麼祝福之力，但對於原本是牠們母親的野獸，仍然下不了手攻擊。梅爾維布提督與隨後趕到的海雄旅團果敢向蒼茫之獸挑戰，經歷一番苦戰，但仍被打得無法動彈。這時魚人族們鼓起勇氣前來幫忙，解救了一行人的危機，終於打敗蒼茫之獸，最後由梅爾維布扣下板機送走了它。
梅爾維布提督承諾魚人族，將會提供產卵地給牠們擁立的新女王。隨著魚人族們與人類的共存有了轉機，海雄旅團再次解散，依依不捨的道別後，團員們各自回到了工作崗位，而真面目竟是原海雄旅團團長的洛倫斯，也再次退往檯面下回到自由自在的生活。提督對主角說「偶爾也想拋棄提督與英雄的身分，單純作為一個朋友與你乾一杯。」從此，「巨艦威爾布蘭德」將要起錨航行，建築一個不再需要「死亡制裁」的國家。
獲得成就「祛除《滅絕之絕望》者」
魔法篇
應拉扎罕星戰士團本營的「伊修加德駐外武官」的請求，主角前往皇都伊修加德與負責應對偽神獸相關事項的阿圖瓦雷爾卿、以及艾默里克總長見面。總長表示轉變為偽神獸的是一名身分不明的青年，由於呈現為龍形，命名為「法芙尼爾」，但它卻已經展翅高飛，不知去向。另外又有許多變為野獸的居民，雖已經全數討伐完畢，卻發現他們的身分，都曾經是伊修加德正教的虔誠信徒。為了釐清這個現象，一行人前往聖雷馬諾大聖堂，詢問當時目擊現場卻唯一生還的聖職者，伊修加德正教助祭「克雷姆」。這時聖雷馬諾大聖堂的統括者「瓦爾提諾亞主教」前來關心致意，身為能向教皇進言的最高諮詢機構「聖徒評議會」一員的他，在教皇寶座空缺的現在，可說是伊修加德正教的最高權力者。
克雷姆助祭請求一行人前往庫爾札斯西部高地，尋找並勸回幾位害怕獸化而逃往城外的聖職者。但一位異端審問官見到艾默里克，卻對他表達不滿，說顛覆正教教義的他正是導致聖職者們現在遭到批判、無處可去的元兇，緊接著就變成了野獸。討伐野獸後，一行人成功勸說殘存的聖職者們回到皇都休息，並在神殿騎士團總部「作戰立案室」商討對策。現今的皇都，由於虛偽的正教教義被徹底推翻，許多民眾失去了心靈支柱和該相信的事物，因此將批判的矛頭指向同樣是一無所知的基層聖職者們，且那些將身心奉獻給正教的聖職者們本身也失去了思想的核心，導致失去了盼望，最終成為野獸。
但奇怪的是，轉變為偽神獸的那位青年，他的外貌並不像聖職者。一行人為了調查他的來歷，在皇都四處詢問後，得知他是由蒼天街的魯什芒德紀念醫院逃脫的，雖然自稱為與蒼穹騎士團前總長相同的名字「萬德羅」，但記憶曖昧不明，也沒有攜帶能證明身分的物品，只知道他在病禢睡夢中不斷呼喚著「教皇陛下」與「主教陛下」。
為獲得進一步的線索，艾默里克透過克雷姆助祭提出晉見瓦爾提諾亞主教的請求，但主教卻藉故閃躲，推託其詞。這時主角「超越之力」發動並見到主教的過去，原來他在魔大陸，以聖劍阿斯卡隆、及亞拉戈文明的複製體人偶為媒介，打算模仿教皇曾經做過的降神儀式，藉著再次召換蠻神圓桌騎士、來重建伊修加德的神權政治。但或許是以太不足所導致，召喚出來的不是蠻神，而只是個虛弱的人類。主教將那名人類捨棄在原地，直接離開了。被揭發了這些惡行的主教當場化為野獸，幸好艾默里克及時討伐。
艾默里克推測，那名被召喚出來的人類正是偽神獸的真面目。為了證明這點，主角與艾默里克前往據說發現他倒下的地點—庫爾札斯中央高地收集情報時，見到了守候在教皇座駕艇「天陽號」旁的偽神獸，它沒有襲擊過來就離開了，而主角看見了它的過去，證實了這個推測—那名被捨棄在魔大陸、得到了人格的複製體，搭乘天陽號打算回到皇都，卻因風雪墜毀，被輾轉送進魯什芒德紀念醫院後醒來，他不知道腦海中浮現許多聲音與許多名字哪個才屬於自己，只能自稱「萬德羅」。然而這是由於蠻神圓桌騎士重新被召喚時，繼承了前次召喚的圓桌騎士全員的記憶所導致。作為蒼穹騎士，守護教皇的使命在他心中根深蒂固，聽到教皇駕崩的消息，他大受打擊，步履蹣跚的從醫院離開，最後陷入絕望成為偽神獸。
艾默里克認為，要消除野獸化的現象，必須由伊修加德正教的改革著手，因此召開了改訂教義的「公會議」，不只邀請高層人士，還廣納平民信徒參與，談論的結果決定回歸原點，也就是庫爾札斯地區拓荒時期的戰神哈羅妮信仰，並且將曾犯下的過錯傳達給後世，不再忘記並往前邁進。
另外對於討伐偽神獸這方面，艾默里克也有了對策，那就是親自拿著教皇曾經使用過的寶杖「戰神的慈悲」，引誘「法芙尼爾」來到教皇廳最上層冰天宮禮拜堂。經歷一番苦戰，艾默里克、阿圖瓦雷爾與主角互相協助成功討伐偽神獸，消去了最後的蒼穹騎士們的絕望與嘆息。這時艾默里克罕見地吐露心聲，表示自己肩負著皇都未來的責任，必須拾起所有人民的思念並決定前進的道路，若走錯任何一步，或許成為偽神獸的將會是他…並對相信他不會變得如此的主角說了聲「謝謝你，我的朋友」。從此伊修加德將會成為一個由每個人民共同煩惱、思考並仍然往前邁進的國家。
獲得成就「祛除《廢教之絕望》者」
達人
