第一章至第九章：開始之前
「叛逆的物語」過後，見瀧源町的魔法少女們過著平靜的日子。儘管沙耶香與焰在相處上有些摩擦，日常也少不了討伐魔獸的工作，魔法少女們在這個「惡魔」，也就是焰所刻意塑造的世界中也算得上幸福快樂了（焰本身並未以魔法少女的身分參與討伐魔獸的工作）。
在這期間，在「叛逆的物語」過後徹底被焰貶低地位的孵化者與「那一位」達成協議。雙方以推翻「惡魔」為共識，祕密地展開行動。而麻美也在偶然的情況下，夢到了宛如遭遇世界末日的見瀧源町與將死的自己，這兩件事都彷彿暗示著，這個世界將出現重大的變動。
另一方面，焰也在這段期間內遇到了兩件事──其一是被傾慕她的學弟，納洛所告白。其二是偶遇失去一位女兒並與兄長失散，想把焰當作女兒收養的水月汐夫人。對於前者，焰毫不留情地拒絕了；對於後者，焰也毫不顧忌地用魔法竄改了水月夫人的記憶與認知，讓她再也不會來「糾纏」她。
然而，焰不知道的卻是，或是巧合，或是命運，在「那一位」的介入下，被她拒絕的納洛目睹了她任意修改他人人生的力量。同時心儀她的納洛也從她修改他人記憶與認知的方式認定，焰有著人的良善與溫柔，而非任意玩弄世界的「惡魔」。最後在與「那一位」訂下契約之後，納洛成為了「那一位」的「容器」，而他也得到了將在未來守護傾慕之人的力量。
第十章至十七章：苦戰亞必戈
在孵化者與「那一位」的策劃下，新型變種魔獸，亞必戈開始肆虐。面對這些強敵，儘管麻美等魔法少女英勇奮戰，卻仍落入了險象環生的苦戰之中。
另一方面，「那一位」也在見瀧源中進行了更多的佈局。先是趁著一次拯救遭遇魔獸攻擊的恭介與仁美的機會，將可在未來孵育出亞必戈的「卵」以護身符項鍊的形式，安排在恭介的身上。另外又釋出自己的分身，以附身於百江渚身上的方式，支援陷入苦戰的麻美等人。
然後，在協助麻美擊敗亞必戈之後，「偽小渚」卻警告麻美，最強的亞必戈之王將在不久後降臨。在拒絕了事先逃離的選擇之後，魔法少女們只能靜待王的到來，然後全力戰鬥。
PS：杏子曾在十三與十七章各發生一次搞笑劇情。
PPS：麻美學姊的K-ON同學們，客串於十三與十四章。
第十七章至二十二章：ＶＳ王
最強的亞必戈之王終於登場。宛如天災的壓倒性力量甚至撼動了「惡魔」的這個世界，使得小圓險些回憶起自己就是「圓環之理」，這也導致了焰在不久之後，正式出手與王展開戰鬥。
另一方面，麻美等魔法少女則幾乎被王給逼入了絕境。儘管最後得到了「偽小渚」的支援，戰鬥依舊處於極度不利的狀況。然而在關鍵的一刻，焰卻巧合地以魔法召喚出大規模軍火對王發動攻擊。受到這波攻擊的影響，「偽小渚」與三位魔法少女只能暫時逃離現場。然而激烈的戰況最後仍舊波及到了她們，最後「偽小渚」僅帶著麻美順利脫逃成功，杏子亦在稍晚之後順利與麻美會合。然而沙耶香卻回不來了……
沙耶香死於戰鬥的波及，然而事實卻是不單純──偶然發現將死的她的焰，動用了「惡魔」的力量，解放了沙耶香身為人魚魔女的身分，並且在強化之後，派遣了她與王展開戰鬥。最後在人魚魔女的自殺式攻擊下，終於擊退了王。然而失去沙耶香的事實，卻也讓杏子心碎了。
第二十三章至二十七章：餘波
由於在保護麻美等人的過程中耗費了過多的魔力，身為「那一位」分身的「偽小渚」為了重新儲備魔力，暫時消失了。另一方面，眾人以為必死無疑的沙耶香其實被「那一位」所救，並且暫時住進了豪華飯店中。然而對此一概不知的杏子卻因為沙耶香的死而心碎，在情緒失控的情況下，大大地傷了關心她的麻美的心。不巧的是，魔獸又在此時出現了。
一肚子脾氣的杏子不顧麻美攔阻，上了戰場要替沙耶香「報仇」。擔心她的麻美雖然隨後趕上想阻止她，自身卻因累積了過多的悲傷與壓力，最終反而成為了魔獸的餌食。最後，吞噬並吸收了麻美力量的魔獸與杏子展開了戰鬥。在痛苦地體認到因為自己的一意孤行而害了麻美的事實之後，杏子抱著下地獄也要為麻美報仇的決心展開了戰鬥。
在此同時，奇蹟卻降臨在麻美的身上。在被魔獸吞噬的期間，麻美在心中遇到了母親般的守護女神，她的出現撫慰了麻美受傷的心靈。或許是有所依靠的感覺太過美好，麻美情不自禁地沉溺其中。因此在女神表明自己並非母親，無法永遠讓她依偎其中的時候，麻美甚至還抓狂了一番。不過到了最後，終於冷靜下來的麻美接受了守護女神的好意並重拾了面對未來的勇氣。
然而，就在重拾希望並自魔獸體內脫離的麻美的面前，卻是與不敵魔獸而垂死的杏子。所幸曾以「偽小渚」模樣支援麻美的「那一位」分身再次出現。這次它以可以使用四次的十字形綴飾的模樣降臨，並用它的力量救活了杏子。
第二十八章至三十五章：進行中的急轉直下
得救的杏子體悟到因為失去沙耶香而痛苦難過的並不只是自己。抱著這樣的心情，她與釋出善意的麻美和好了。
另一方面，由於沙耶香之死的感到不安的焰也決定親自出馬與亞必戈戰鬥。在一次麻美與杏子苦戰亞必戈的戰鬥中，她以彷彿擁有超神速與自由控制爆炸力量的魔法少女介入戰鬥，並在之後不斷以壓倒性的實力擊敗敵人。耐人尋味的是，她並未向麻美與杏子表明自己的身分，而是以先前已被她修改人生的水月夫人已逝的女兒，水月琴音之名掩飾自己的身分。
在這期間，被抹除的過後似乎又隱隱浮現而出，麻美似乎自守護自己的十字綴飾中感受到了感受到了自己與「那一位」有著某種過去，小圓亦在偶然的觸發下看見身為圓環之理的自己被「惡魔」所撕裂的場景－－儘管不久之後，這事就被當作白日夢般地被忽略了。
之後在某個平凡的假日，外出約會的恭介於仁美，竟遭遇了比魔獸更加強大的亞必戈攻擊。由於該亞必戈有著大量複製分身的能力，因此在魔法少女們皆被它的分身引開之際，根本無人可拯救他們。然而在關鍵時刻，先前被「那一位」安放在恭介身上的「卵」孵化了－－一頭雙頭龍亞必戈，在它的奮戰之下，恭介與仁美雙雙得救。
另一方面，在打倒亞必戈分身的麻美與杏子面前，被她們認為已死的沙耶香現身了。然而已經成為「那一位」手下的她卻動用了新的力量，試圖把麻美與杏子一併帶走。不過在麻美的奮戰下，她的舉動告吹了。同時，稍晚現身的水月琴音，亦被撤退前的她指稱出曉美焰的身分。
對於沙耶香的「復活」而感到在意的焰，接著動用了「惡魔」的力量操控了杏子，試圖讓杏子將沙耶香帶回來審問。經過一場激戰，兩敗俱傷的杏子與沙耶香雙雙被孵化者帶走，納入了「那一位」的手中。然而在此同時，焰亦察覺到了「那一位」正在將魔法少女們一一納入手中的意圖，因此接下來，她便將麻美當作誘餌，準備將「那一位」引誘而出。如果「那一位」不出來，麻美將葬身火焰之中…….
創作內容
魔法少女小圓同人連載文：Rebelling the destiny again(特別篇：Ch1-35劇情回顧)
ACG心得 (15)