搭乘乙太基金會的遊艇，到達乙太基金會建立的海上設施乙太樂園，下船後扎奧博介紹這個地方因為持續放出封住精靈球功能的電波，因此無法捕獲寶可夢。
接著跟著扎奧博搭乘升降梯，劇情之後要主角找理事長，右邊有人在討論正輝，往左邊走則能找到理事長露莎米奈。
感覺相當天然的哈鳥稱讚露莎米奈相當年輕卻做著很偉大的事情，露莎米奈卻笑著說已經40歲了。重新看一次哈鳥才嚇到了XDD
攀談到一半，地底發生震動，接著裂縫出現，從裡面出現了一隻水母。主角向前進入對戰。
水母血量低於綠色之後，對戰會強制結束並逃跑，隨後露莎米耐露出相當恐怖的笑容...讓我覺得這種風格的模組竟然可以做的讓人毛骨悚然..
接著開始解說對方應該是裂縫對面的究極異獸，同時也是不可缺少的存在。
離開後碧珂贈送主角招式機29「精神強念」。上船後對於能見到裂縫以及究極異獸的哈鳥心情非常亢奮，吃著碧珂贈送的零食抵達烏拉烏拉島。
烏拉烏拉島
進入充滿日式風格的城鎮後，哈鳥要求對戰。
此時哈鳥寶可夢：雷丘，水伊布，投羽梟。
勝利後到與博士約好的地方，馬利埃庭園。一開始博士不見蹤影，四處找找後在冰店找到正在休息的博士，在主角們跟博士攀談遭遇裂縫以及異獸之後，博士要主角穿越10號道路搭乘公車到輝克拉尼山的下一個考驗。
離開庭園往左邊走，找到正想去圖書館的莉莉艾，攀談後離開。接著遇見色違大木博士，原來洛托姆圖鑑開發也有史特隆呢。
在圖書館前面找到迷路的莉莉艾，此外她似乎還買了不敢穿出去的衣服。
圖書館一樓有成都來的觀光客，對於阿羅拉無法使用秘傳學習器感到相當意外，解答她的疑問後獲得招式機76「飛翔」。
在圖書館遭遇阿塞蘿拉，因為莉莉艾要聽她說古老的傳說，因此主角先前往10號道路。
11號道路
中間可以獲得招式機74「陀螺球」。
10號道路
解決正要搬走公車站牌的骷髏隊後，博士出現並一起搭乘公車，到達後博士說明，打算在拉納基拉山建立寶可夢聯盟。博士希望保存阿羅拉地區的風俗，但同時希望讓世界承認的冠軍在這裡誕生。
第五個考驗
往上走到天文台，馬睿因自我介紹後向主角挑戰。對戰結束後博士離開。
進去天文台後找到馬瑪內，他要你幫忙測試順便考驗。之後測試導致停電，因此要猜聽到的聲音選出正確的答案才能開門，答案分別是，寶可夢中心、洛托姆圖鑑、蟲電寶以及霸主寶可夢。
假如回答錯誤，可以看到馬瑪內被電擊的有趣畫面。
回答結束後出現霸主寶可夢，戰勝後電力恢復正常，從隊長身上獲得電Z，談話後，從馬睿因手上獲得鋼Z。隨後取得博士的面罩，希望主角交還給他。
回到庭園，看見博士正被骷髏隊找麻煩，同時老大古慈馬出現，隨後向主角挑戰，擊敗老大之後他與手下就逃跑了。
隊長結束後獲得主角當初選擇的寶可夢的Z結晶，這邊獲得咆哮虎結晶Z。並交還蒙面人的面罩。
對話後莉莉艾以及阿塞蘿拉出現，對話結束後前往11號道路。
12號道路
穿過11號道路的隊長迷你門之後到達12號道路，往前走哈普鳥叫住主角，接著幫主角登錄重泥挽馬在騎行裝置上。
穿過12號道路到達13號道路，哈鳥從後面趕上來。接著中二格拉吉歐出現，告訴主角骷髏隊正在找科斯莫古，因為立場的關係希望主角能保護那隻寶可夢。
往旁邊的拖車對話，可以從壞情侶樣的男子獲得招式機12「挑釁」。
卡璞村
往左邊走到達卡璞村，似乎是將來寶可夢聯盟的起點。劇情之後結束。繼續往左邊走。
看見一棟建築物，進去之後發現是乙太之家，接著幼稚園小鬼跑來馬上進入對戰，結束之後隊長阿塞蘿拉回來。
阿塞蘿拉要你先出去等她，沒想到莉莉艾又被骷髏隊找麻煩，趕走骷髏隊後獲得五個豪華球。似乎又是逛街買的。
之後跟著阿塞蘿拉前往卡璞村，要你前往14道路。
第六個考驗
穿過14號道路到達超市舊址，阿塞蘿拉說明這次考驗必須進入舊址拍攝幽靈系寶可夢，要是發現周圍有奇怪的東西就試著用洛托姆攝影吧。
一開始是輸送帶上的鬼斯，解決後看到皮卡丘跑過去，發現鬼斯通正無故晃動著推車，接著又發現皮卡丘往上跑，發現胖胖的梗鬼正讓玩偶飄在空中。
結束後跟著皮卡丘進入空房，發現牆上許多皮卡丘的照片，將搜尋鏡往後轉，發現了可以說話的皮卡丘（偽），原來是霸主寶可夢謎擬Q。
戰勝後獲得幽靈Z，並獲得10個黑暗球。
主角向阿塞蘿拉說明，她笑著說沒有那種東西並離開，此時躲在後面的謎擬Q也消失在深處。
回到乙太之家，骷髏團的布爾美麗出現並挑戰，戰勝後說明想要回寶可夢要主角前往魄鎮。
聽阿塞蘿拉告知，15號道路有人能幫忙。找到後原來是合眾地區的越橘，他會給予主角巨牙鯊，巨牙鯊可以擊碎海上的碎石。並告知穿越16號道路可以到達魄鎮。
穿過中間的海島，島嶼上可以撿取招式機93「瘋狂伏特」。到達上面後，寶可夢中心右邊的旅行車蹲下爬過去，可以獲得招式機81「十字剪」。
繼續往16號道路走，穿過烏拉烏拉花園，往右上進神殿可以撿取招式機03「精神衝擊」。因為繼續走沒有任何東西，所以回去烏拉烏拉花園朝上走到達17號道路。
17號道路派出所空無一人，但是往右邊山坡走可以撿取招式機84「毒擊」。
往上走到達魄鎮，但目前已被骷髏團佔領，需要不斷解決敵人進入，最上面有一座宅邸，2樓左邊最上面的房間有招式機36「泥污炸彈」，此外，唯獨這個房間特別乾淨。
到達2樓的陽台前，會有骷髏隊的手下詢問問題，答案分別是圍攻、具甲武者、向尾喵可可、NO！，對方便會認為你酷斃了而讓開道路。
解決老大後，將被抓走的寶可夢拿回來，老大跑走後可以從旁邊的蟲Z寶箱幹走一個蟲Z。
出大門後發現默丹大叔，會幫你回復寶可夢。之後阿塞蘿拉趕來，雖然看起來一臉頹廢樣，但似乎是本領相當高強的警察，談話結束後，大叔留了一句，「球中的寶可夢，鎮中的骷髏隊，到底哪邊才是幸福的」這句話後離開。
回到乙太之家，發現幾個小時前莉莉艾被布爾美麗帶走，中二格拉吉歐忽然闖進去，罵著主角不可靠後進入對戰。
戰勝後，格拉吉歐說明曾經提醒過主角科斯莫古很可能為阿蘿拉地區帶來災難，必須將他搶回來，隨後徵求主角同行的意見。
接著場景轉到港口，在哈鳥還沒來以前，默丹大叔忽然出現並說明自己是島嶼之王便進入對戰。
莫丹持有的寶可夢：勾魂眼、混混鱷、貓老大
貓老大開場會使用Z力量，這邊要注意一下。戰勝後獲得惡屬性的Z純晶。到此，烏拉烏拉島大考驗結束。
默丹大叔離開後，哈鳥趕到，似乎已經不再為了無法幫助莉莉艾而自責。
乙太樂園
搭乘骷髏隊的船到達乙太樂園，一面擊退乙太基金會的敵人，一面前往中心電梯，但目前電梯只能向上無法向下，一行人只好上去其他樓層。
電梯停止後出現在主角面前的是曾經邀請主角來的扎奧博，對話完發生對戰。
雖然說是最後的堡壘但也是被主角秒殺，隨後幫助主角輸入密碼讓主角進入下面的樓。卻露出陰險的笑容看著他們離開。
到達下面後進入右邊的門，因為有三連戰的關係必須注意，結束後走到最右邊，戰勝後調查電腦搭乘電梯回到入口。
劇情結束後乙太基金會的職員出現，說著「你們既然知道了就不能留在這世上了」這種話，戰敗後卻輕易的讓開了。
對戰結束後碧珂出現，幫主角回復完寶可夢的體力後將中二少爺拜託主角們。
上去匯合後發現扎奧博只是誘騙主角下去，趁機聚集剩下的人手打算阻止主角搶奪開門的鑰匙。
然後哈鳥吐槽，幹嘛不藏起來就好了XDDD
先是與中二搭檔雙打，戰勝後換與哈鳥搭檔雙打，不知道扎奧博從哪裡生出了多殼獸（呆河馬）以及磨牙彩皮魚，戰勝後取得大門鑰匙。
向上走前往大門，發現一路上都是骷髏隊，解決後發現中二敗在老大手上，於是與老大進入對戰。
結束後進入房間，發現莉莉艾以及露莎米奈，劇情對話結束後露莎米奈使用超級無敵先進傳送點離開，莉莉艾拜託主角救回小星雲。
進入傳送點後發現許多被永遠冰凍起來的寶可夢。隨後大家跟著出來，經過一段對話後哈鳥才發覺莉莉艾等人是一家人。
在莉莉艾的求情之下還是無法阻止裂縫的打開，隨後，阿蘿拉地區大量出現裂縫。
為了阻止理事長，於是與露莎米奈進入戰鬥。
持有寶可夢：皮可西、美納斯、穿著熊、夢妖魔、裙兒小姐。
戰勝後，露莎米奈為了捕捉異獸而穿過究極之洞進入另一個世界，主角們離開後決定進去那個世界找回露莎米奈。
一行人提議過夜休息，起床後，離開房子，發現莉莉艾剪成馬尾換了水手服，中二則交給主角太陽之笛以及大師球。
哈鳥集合後，大家前往下一個島，波尼島。
到此，第三群島劇情結束。
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創作內容
【攻略】精靈寶可夢日月版 劇情攻略「第三群島烏拉烏拉島」
《遊戲》 (10)
