松崗表示，承接《最高指揮官》的劇情，耳尖的玩家會在結局聽到關於新威脅的消息，這支異星種族正是「瑟拉芬」，從官網釋出的遊戲預告影片來看，「瑟拉芬」並非如同主程式中所描述的這麼友善，玩家在遊戲中不只要對抗強大的「瑟拉芬」，也必須「處理掉」同盟內不穩定要素才能確保人類的生存。
松崗表示，「瑟拉芬」使用的科技與其他人類陣營不同，連兵種單位的造型也很獨特，他們利用「負能量」作為武器，甚至在武器中包含一種怪異的「能源生物」，比如說「瑟拉芬」重型火砲能發射的能源彈藥會釋放出「能源生物」攻擊敵人，他們的突擊機器人也具備這種特色，即使被摧毀，留下來的能源生物仍然會持續攻擊附近敵方單位一段時間。
「瑟拉芬」入侵地球的巨大飛行物為實驗性轟炸機，這種轟炸機投射的能量炸彈等同於小型核彈，威力奇大無比，光是一架就足以移平整座基地，它還配備三門防空自動砲。
為了對抗異星種族的威脅，三方人類陣營在軍事科技上互有交流，每個陣營多了 10 種新單位，其中包含一個全新的實驗性單位。像「塞布蘭國」有屬於自己的科技等級三砲艇，對「UEF」的重型砲艇有更好的反擊能力。另外，像是點防禦、魚雷發射器等防禦性單位也強化至科技等級三，海軍單位有新的「反潛艇」船艦、「匿蹤力場產生器」船艦等，空軍則有能運送更多部隊的「重型運輸艇」等。
至於布雷克曼博士最新研發的「巨石」是蜘蛛機器人的兩倍大，這種外形像螃蟹的兩棲作戰單位配備兩門質子加農砲和防空武器，以及魚雷發射器和反魚雷爆彈，光是一具就能殲滅整批海軍艦隊，它也是座機動工廠，能夠生產地面單位和小型船艦，一但「巨石」生產成功，將會是敵人難以招架的強兵利器。
除了新的戰役、兵種單位外，《最高指揮官：鋼鐵同盟》也改良遊戲畫面和特效，單位的貼圖和細節更為豐富，增加新的爆炸特效、高熱產生的模糊效果以及光影處理；遊戲人工智慧也加以改善，《最高指揮官：鋼鐵同盟》將包含六個關卡，玩家可選擇不同的人類陣營來進行，隨著選擇的陣營不同，遊戲中的對話劇情和某些次要任務會有些許的不同。
遊戲系統需求為：
Microsoft Windows XP Service Pack 2 或 Vista
1.8GHz 中央處理器
512MB 記憶體
8GB 硬碟空間
128MB 記憶體、支援 DirectX 9 Vertex Shader/Pixel Shader 2.0 之顯示卡
音效卡、喇叭或耳機
56.6K 以上網路連線速度
