「神魂合體GO DANNAR!!」故事敘述西元2042年，各地出現了未知的神秘巨大生物 擬態獸 對人類造成危害，因此各國秘密開發了巨大機器人來對抗，史稱「巨神戰爭」，最終的擬態獸之首由日本分部的超級機器人「GODANNAR」所消滅，而駕駛員，也就是主角猿渡豪，在此役中救了一名12歲少女 葵杏奈，卻失去了自己的搭檔，同時也是未婚妻的Mira Ackerman。
5年後，29歲的豪與17歲的杏奈相戀並結婚，但在婚禮上又出現擬態獸作亂，豪獨自一人趕往基地應戰，但從小接受母親特別設計的機器人駕駛員英才教育的杏奈卻不是省油的燈，也準備與丈夫並肩作戰...
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