與一般續集不同的，《沙丘魔堡：皇權爭霸》的故事時間發生在《沙丘魔堡電影》之前的幾百年，整個故事雖然架構在《沙丘魔堡》的宇宙中，卻是Westwood自行撰寫的新故事：時值10190年，原本擁有沙丘控制權，也就是被稱為皇帝的Corrino被他的妾Elara下毒所殺，皇位與沙丘的控制權頓時空出，而三大家族：Atreides、Ordos、與Harkonnen都想要控制沙丘，而這三大家族，也就是玩家可以控制的三大家族。
除了三大家族之外，《沙丘魔堡：皇權爭霸》內也加入了其他五個可以與之聯盟的家族：Tleilaxu、Ix、Spacing Guild、Sardaukar，這五個家族之間有些彼此是世仇，有些則有著更陰險的企圖會在遊戲的後期被發現，彼此之間的利害糾葛也讓遊戲的故事變得更加的豐富。
除了全新的3D遊戲引擎外，《沙丘魔堡：皇權爭霸》內導入的另一項特點就是戰鬥將不只是發生在3D的戰術環境之中，也會發生在巨觀的戰略層面上，與《沙丘魔堡2000》相同的，玩家將可以看到代表整個星球的地圖，上面以顏色來代表各地區的控制權歸為哪個家族，不同的是，玩家這次可以選擇的將不只有要往哪一個地區進攻，玩家將可以選擇配置一個主要部隊群與兩個後備部隊群，在回合制的限制下一個回合移動一個部隊群，並且可以任意的選擇部隊群要前進境攻、待命、或者是撤退。
《沙丘魔堡：皇權爭霸》內除了單人任務模式外也具備了多人連線的功能，多人連線下主要分為兩種模式，一種當然就是標準的廝殺打法，另一種，比較特別的是多人連線戰役，玩家可以號招自己的好友，透過區域網路或是網際網路來一同加入他正在進行的單人戰役任務；而所有的網際網路連線也將全部透過自《紅色警戒２》啟用的Westwood Online免費網路服務功能。
沙丘的控制權到底將落入哪一個家族的手掌之中？是高貴的Atreides、卑鄙的Ordos、還是邪惡的Harkonnen？又是誰可以登上皇帝之位？一切都將在2001年《沙丘魔堡：皇權爭霸》這套Westwood第一次嘗試進入3D即時戰略領域的巨作問市時揭曉。
控制沙丘的人，就控制了香料，也就控制了全宇宙....
