1. 這是概要描述而已，細節就沒有特別去講了。
2. 人名翻譯得很倉促，沒有考察也沒多想，請包涵XD
3. 有些地方是靠印象寫的，有錯請提醒。
時間為2015年，主角以某計畫所募集的48位master最後一人的身份，來到了來到位於人煙絕跡標高6000公尺雪山之中的『人理保障機關迦勒底（Chaldea、Kāldān）』。48位master之中，38位來自魔術名門、具有才能的一般人則是10位。主角正是一般人。
進入研究所時接受了模擬戰測試，主角在結束後因為大腦尚未適應而陷入了昏睡，結果被可說是本作女主角的「瑪琇（盾子）」與不明生物「鳳」所發現，沒想到兩人意外合得來。
在會見所長「奧爾嘉瑪麗‧亞寧姆史菲亞」後，在主角因為受訓還不足而即將被嚴格、凶悍、人稱魔鬼的所長命令退出時，研究所要員「雷夫」替主角辯護，讓他留了下來，只是要重新接受基本訓練。其後並且來到醫療區與「Dr.羅曼」會面，彼此也打好了關系。
沒想到就在此時......所內發生了大爆炸，辨識後可以確定不是意外、是人為性的破壞！
危急狀況下系統開始運轉，將傳送座標設為『西元2004年 1月 30日 日本 冬木』。在傳送發動前主角拼命地尋找生還者，好不容易發現了重傷的瑪琇，然後......兩人被傳送到了過去。
至此序章正式開始。
醒來後，主角發現周遭是廢墟與大火焦痕，以及瑪琇不知為何變了個模樣、傷痕也消失的無影無蹤。等Dr.羅曼的通訊接通後，才知原來是危機之時瑪琇與「某位servant」融合了，完成了迦勒底秘密進行的第六項實驗－－－英靈與人類的融合「Demi servant」。並且與主角定下契約成為主角的servant。
為了進行探索歷史的計畫，迦勒底事前便已經召喚了數位servant。據說有3位，1位是前任所長時期召喚、目前不清楚狀況，1位是達文西，1位就是剛才在大爆炸之中失去了master、於是把最後的希望託付給瑪琇的servant。然而這個融合的結果只保留了該servant的能力，意識與記憶並沒有保存下來，所以瑪琇不曉得英靈的真名、也不知道手中寶具到底是什麼。
正當兩人以為被傳送生還者只有自己時，意外地發現了所長奧爾嘉瑪麗也一起被傳送了過來。在所長的號令下，重新與Dr.羅曼那邊取得聯繫，得知研究所那邊狀況非常糟，可用人力極度不足、還活著的master也身受重傷。於是所長作出將全員冷凍保存的命令，總之先延續性命等待日後的救助。
事情發展越來越超乎想像，主角感到迷惑，幸好所長與瑪琇耐著性子解說迦勒底要進行的計畫到底是什麼。
融合科學與魔術，迦勒底完成了許多最先進研究。
開發能觀測過去的電腦「拉普拉斯（Laplace）」。
投影地球環境模擬體「迦勒底斯」。
完成近未來觀測透鏡「示巴（Sheba）」。
構築英靈召喚系統「命運（Fate）」。
從亞特拉斯學院那裡得到了靈子演算機「特利斯梅基特斯（Trismegistus）」的協助。
結合這些技術後，迦勒底成功辦到了觀測百年之後的人類歷史。
備註：Trismegistus似乎取自『三重偉大的赫爾墨斯 Hermes Trismegistus』...？
迦勒底斯是模擬星球之魂，投影出一個極小的地球，並把時間設定在百年之後。藉由透過示巴觀測這個投影地球，人就可以得知未來是否安定。沒想到半年前研究所觀測到的未來起了變化，發現到人類將在2016年7月滅絕。此外也在過去的時間軸上發現了詭異的「特異點」。
為了釐清這些異象，迦勒底決定發動時間旅行計畫First Order，化解特異點、挽救人類的未來。而目前主導者便是三年前從亡父那裡繼承了所長位子的奧爾嘉瑪麗。
原本，她是想親自執行這個計畫。和很遺憾魔術資質優秀的她居然沒有Line shifter（靈子移轉）的適性、也沒有master適性，無法成為servant的主人（連庫夫林都驚訝有這種奇特的狀況，簡直像詛咒）。對於身為魔術協會天體學系領主的亞寧姆史菲亞家而言，是一個污點、也是奧爾嘉瑪麗的心結。
在調查途中，被黑影包覆的Assassin（咒腕哈桑）和Lancer（偽弁慶）襲擊了過來，眾人才驚覺原來是異常的聖杯戰爭正在展開。瑪琇一個人的力量無法同時對抗兩個servant，但不挺身而戰就沒有活路，就在此時Caster（庫夫林）出手相助！
擊敗Assassin與Lancer後確認了現況。目前的冬木聖杯戰爭，特異的Saber擊倒了其他五人、而被她擊敗的servant都會被污染。（順便一提，庫夫林抱怨說如果自己以Lancer職位被召喚的話就可以狠狠捅那個Saber一槍，就可惜偏偏是Caster，這職位和冬木聖杯戰爭的適合性超差。）
之後庫夫林再度展現大哥精神，不但幫瑪琇特訓（用豪邁的生死實戰...）讓她學會了使用寶具（非真名解放，所以還沒法發動真正的能力）展現大盾的超強防禦力。所長倒是見縫插針，替這招取了「代號‧迦勒底斯」的名稱，一路同行之下所長漸漸露出許多平常看不到的有趣面孔。
提升戰力後一行人往大空洞前進，途中遇見了黑化的Archer（EMIYA）阻擋在眾人面前。在瑪琇當護衛、庫夫林專心詠唱的組合下解決掉Archer。但消失前Archer留下了耐人尋味的話語，說沒想到瑪琇會用那種方式來使用寶具。
稍微來個下午茶補充體力、精神之後，一行人終於抵達大聖杯。駐守在那裡的正是Saber alter，以暴君的姿態散發無比壓迫感。但沒想到竟然連她都說瑪琇的寶具非常有趣，顯然那面盾存在著大秘密。
最終決戰開始了，Saber alter解放黑色聖劍、瑪琇展開寶具盾全力防禦，庫夫林也全力作戰。最後好不容易擊敗Saber alter，但她消失前說了命運還是沒有改變。在她消失後，這個怪異的聖杯戰爭也隨之消失，連帶使庫夫林也跟著消失。
帥氣的庫夫林最後送給主角的話語竟是：「再有機會見面的話，就以Lancer召喚我吧！」然後這個時代的冬木servant都消失了，正當主角三人安心之際......爆破研究所的元兇才現身。
沒想到兇手居然是自己人雷夫，他是潛伏在研究所內的敵人。並且揭露了駭人的真相...... 奧爾嘉瑪麗的肉體已經被炸得粉碎，被傳送來2004年的是思念體。而他，這一次將思念體也徹底葬送，被吸入高密度情報體的奧爾嘉瑪麗有如掉進了黑洞......
幸好雷夫似乎是自信過度，沒有取主角和瑪琇的性命，最後兩人平安回到2015年的迦勒底。正確來說，是同樣成了特異點的迦勒底，研究所已經變成了獨立的時空間。
為了拯救未來，為了正確的歷史，將那些被扭曲的人類分歧點導正。作戰名稱從First Order改為迦勒底最後也是最初的使命『人理守護指定 Grand Order』，人類的未來就命懸於主角和瑪琇手中。
序章到此結束。
