劇情可以分成四段,第一段是戲院子的生活,第二段是成名後的生活,第三段是七七事變到共產政權時的文革迫害,第四段則是過了十二年後兩人再度重逢一起演戲。
片中劇情安排小豆子一開始因為手的問題,不能進入戲班子,他的母親一發狠就把他的第六根指頭剁下來,或許這就是開啟程蝶衣日後悲劇的起點。片中段小樓不斷的說程蝶衣是「不瘋魔,不成活」,而程蝶衣則是不斷的對段小樓說「從一而終」,從這可以顯示出二人的不同,段小樓是一直不曾真正的入戲;而程蝶衣則是從他說出「我本是女嬌娥」後,便一直活在戲中。
片子一開始便讓我們看到戲班子的生活,充分的顯現出「台上三分鐘,台下十年功」的意思。其中有一段小癩子跟小豆子跑出戲班子,小癩子是為了買冰糖葫蘆,而小豆子則是受不了戲班子的訓練,兩個小孩在街上到處亂走,在這個過程中,小籟子一邊拿著冰糖葫蘆吃一邊隨口說了一句話『這世上最好吃的東西,第一是冰糖葫蘆......吃了冰糖葫蘆,就成角了。』,接著兩人看到真正的角,小癩子看得淚流滿面邊哭邊說:「要成一個角,得挨多少打?」,之後當兩人回到戲班子時,看到所有人因為他們的逃跑挨打,當時小豆子站出來,而小癩子呆在門口;但當小癩子看到小豆子受到師傅的毒打卻一聲不吭時,他一邊看著一邊把所有的冰糖葫蘆塞到嘴中,然後上吊自殺,而當我們看到小豆子第一次以程蝶衣的身分登場時,在戲院外一個賣冰糖葫蘆的經過,程蝶衣不經意的看到,愣了一下又繼續走;小癩子隨意說的兩句話,卻成了劇中的兩個伏筆;而在細看本片後,會發現劇中處處埋著伏筆,其中兩人在張公公家中看到的寶劍也成了另一個伏筆,在之後的幾段,那把劍一直不停的出現。
第二段一開始已經分別成為程蝶衣跟段小樓的兩人已經成了名角,一登台演的便是《霸王別姬》,甚至這齣《霸王別姬》就是二人的招牌戲,在這段中我們看到段小樓少年得志,在行事作風上聽不得人言,生活放蕩,待人處事顯得狂傲無知,袁四爺做為同行的前輩提出缺點,不聽就算了,還頂回去,呈現對比的則是程蝶衣在說話及動作中處處露出女性的陰柔感,對於程四爺的話則是虛心接受;段小樓年少得志,酒色財氣樣樣來,生活過的是一個放蕩靡爛,而程蝶衣則如同一名女子般,勝少有他獨自一人出外,師兄弟兩人的私生活呈現出一種強烈的對比,或者說是平衡,而菊仙成了打破這種平衡的一股外力;從段小樓跟菊仙成親後,程蝶衣頻繁的出入袁四爺的府邸,亦不與段小樓同台演出,我覺得這一段就某方面來說已做出結局安排的伏筆,程蝶衣不願跟段小樓同台演出,也暗示出程蝶衣後來的舉動。
第三段1937年七七事變爆發,日軍攻占東北,從這段開始我們就看到段小樓跟程蝶衣在戲台上截然不同的態度,段小樓是跳出戲跟日軍大打出手,程蝶衣則是不管台下發生什麼事他依然唱他的戲;在本段中,雖然程蝶衣是主角,但段小樓態度的演變可以說是最主要的關鍵,段小樓從一開始的抵死不屈到消極抵抗到妥協再到軟弱順從最後趨於強勢,而程蝶衣一直不曾改變自己的態度「從一而終」,在各種事情上,程蝶衣是用戲子的身分去看,而不是從民族的角度去看,所以當段小樓寧死不願唱戲給日軍聽時,程蝶衣是毫無戒惕的去,因此當段小樓問他給日軍唱戲時,他回答:「裡頭有個青木,他是懂戲的。」,當時段小樓的反應是打他一巴掌;抗戰結束,段小樓跟程蝶衣再次同台,但台下的人卻不斷的用手電筒去晃,促使段小樓出來請求觀眾不要這麼做,整個人把身段放低,不復見之前敢於抵抗日軍的霸氣,只有在菊仙被打時,才有抵抗;當文革到來時,段小樓默默的燒掉所有戲服,所有跟舊文化有關的事物,跟著群眾一起批鬥,當袁四爺被推上台時,在錯愕後,還是盲目的跟著群眾念口號;在段小樓被人揪出去批鬥時,段小樓崩潰了,他屈於群眾的批鬥下,開始批鬥程蝶衣;而程蝶衣在本段中,一直保持著同樣的想法,雖然在文革的時候,也有把戲服拿出來燒掉,但在程蝶衣的心中最重要的不是民族大義,也不是是非對錯,最重要的是京戲能不能保持住,在這點上,程蝶衣跟袁四爺是站在一起的,所以當抗戰結束,程蝶衣被抓去審判,當他站在法庭上他依舊堅持『要是青木沒死,京戲就傳到日本國了。』,再者,在文革還未開始時,他跟段小樓與小四及其他人討論新京戲時,他說:「這不是戲。」,而段小樓則在得到菊仙的暗示後,贊成了所謂的新京戲;對程蝶衣來說,所謂的戲,就是要練功,要化妝,要刻苦,才能成角,才能上台,只要上台了,無論觀眾是誰,戲,還是要演下去;對段小樓而言,戲只是他生存的方式,所以他可以妥協與新京戲,但他的民族思想讓他不能接受演給日本人看。
相隔十二年的再會,演的依然是《霸王別姬》,程蝶衣的生疏跟段小樓的年老體衰,象徵著落幕,段小樓為了幫程蝶衣熟練起來,特意說出『我本是男兒郎,又非女嬌娥。』,卻不想當時正是這句話令程蝶衣一直活在戲中,而今再次講出這句話,反而讓程蝶衣如同一個被催眠的人,從被雖眠的狀態中醒來一樣,程蝶衣從戲中回到現實,而他要「從一而終」,所以,他活著要站在台上;死了,也要站在台上。