尤西亞大陸,這個名字來自大陸各國聯合組成的政體「歐亞合眾國」的簡稱。位於大陸西北方的愛爾吉亞王國,與世界各國共同建造了十二座名為「巨石圓柱」的反小行星電磁砲,目的是摧毀即將滅絕星球所有物種的小行星「尤里西斯」。然而在尤里西斯進入巨石圓柱砲陣射程範圍之前,和星球間的距離就已低於洛希極限,出乎意料地破裂成數以萬計的碎片,墜落在全球數個大陸上,受到衝擊的區域隨即陷入水深火熱之中。
在南方各歐亞合眾國成員國準備與歐西亞聯邦簽署協防條約的當天,對此舉不滿的各國尤西亞判軍發動政變,第一次尤西亞大陸戰爭爆發,所幸在大陸各國聯軍的努力之下,叛軍最後被完全鎮壓。戰亂過後,各國正處於逐漸復興的狀態,卻在此時遭受小行星碎片撞擊,情況可說是雪上加霜。早已對他國難民處理問題感到不滿,貫徹法西斯主義的愛爾吉亞軍將領們看準此時機,將王國改制為聯邦共和國,成立軍政府,並發動統一整個尤西亞大陸的侵略戰爭,史稱第二次尤西亞大陸戰爭。位於他國國土內的巨石圓柱砲陣隨即遭愛爾吉亞佔領,被改造成防空武器。改造後的砲陣可破壞目標範圍內一定高度以上的所有單位,使戰爭初期的制空權完全落入愛爾吉亞手中。
由歐亞合眾國其餘成員國改組而成的「獨立國家聯合軍」,不敵世界三大工業國之一的愛爾吉亞,於戰爭初期節節敗退,只能退守到尤西亞大陸東北邊、位於砲陣射程之外的海島國家北點,計畫以殘餘的兵力進行反攻作戰。被稱為愛爾吉亞無敵艦隊的埃吉爾艦隊,即將向獨立國家聯合軍臨時作戰指揮部發動總攻擊......
本作主角為獨立國家聯合軍的空軍飛行員,代號「Mobius 1」。作為一名菁英飛行員,主角在戰爭中表現優異,被敵軍視為死神般的存在。隨著故事進行,他被發現擁有比敵軍菁英中隊「Yellow中隊」成員更優秀的空戰能力。
愛爾吉亞的首都被攻陷後,軍政府決定投降,但仍有部份將領不肯配合,佔據了位於愛爾吉亞西方某座小島上的超級兵器「巨石」。巨石是一種彈道飛彈,原本也是為了破壞尤里西斯而誕生,卻被調整成可將殘留在大氣層外的小行星碎片擊落至大氣層內,使整個尤西亞大陸再次被碎片撞擊的武器。根據預測的結果,這玉石俱焚的傷害將遠超過第一次尤里西斯流星雨。
為了阻止這難以想像的災難,主角帶領隊員們一同前往目的地鎮壓巨石。宛如命中注定般,在那裡他們遇見了最難纏的敵人Yellow中隊。雖然最強情侶檔Yellow 13和Yellow 4早已被主角擊墜,但殘餘部隊的實力依舊不可小覷。最後主角成功破壞巨石,讓在場所有人見識到何謂真正的「英雄」。
遊戲中的過場動畫,是某位在戰後寫信給主角並在信中回憶這段往事的戰爭孤兒,以他個人的觀點對這場戰爭所進行的陳述。平安長大成人的孤兒那看破戰場殘酷的平淡語氣,讓我深刻體會主角為這場戰爭所帶來的巨大影響。讓人難以忘懷的劇情所呈現出的戰爭史詩......這絕對是一款非玩不可的經典大作。