就在艦娘與深海棲艦的戰爭走到最終決戰時,發現人類方打算將兩者這在場決戰一同藉由新開發出來的毀滅性兵器一同銷毀,但最前線的提督發現後,犧牲自己的性命,利用假的情報指示錯誤的決戰地點,同時將這個消息告知這位試圖與深海棲艦建立合作關係的提督,這個作品中的提督得知訊息後假借大型遠征的名義,利用大型船隻將所有鎮守府的艦娘通通送至這座島上避難,之後便與深海棲艦互相合作。 於是艦娘 + 深海棲艦 與提督 跟人類的最終決戰篇開始了